Criada a partir de uma proposta da Unesco, a Faculdade Latino-Americana de Ciências Sociais (Flacso) é uma entidade intergovernamental, fundada em 1957. É autônoma, mas mantida pelos Estados latino-americanos. Criada para promover o desenvolvimento das Ciências Sociais no continente, no início tinha uma estrutura dual, uma parte voltada para a docência de pós-graduação, com sede em Santiago do Chile, e a outra voltada para a pesquisa social comparada, com sede no Rio de Janeiro, Brasil, chamada Centro Latino-Americano de Pesquisas Sociais.
Até 1968 a instituição era financiada pela Organização das Nações Unidas (ONU), e seus projetos eram integralmente financiados pela Unesco. Atualmente é mantida pelos Estados-membros: Argentina, Brasil, Bolívia, Chile, Costa Rica, Cuba, Equador, Guatemala, Honduras, México, Nicarágua, Panamá, República Dominicana e Suriname. Dispõe de dez unidades acadêmicas: Argentina, Brasil, Chile, Costa Rica, Cuba, El Salvador, Equador, Guatemala, México e República Dominicana.
O primeiro diretor da Escola de Sociologia foi José Medina Echeverría. Posteriormente foi criada a Escola de Economia e Administração Pública. Os primeiros corpos discentes eram formados por professores europeus como Peter Heinz, Lucien Brams, Johan Galtung. Em 1960, a Flacso celebrou convênios com a antiga École Pratique des Hautes Études (Paris, França, atual École des Hautes Études en Sciences Sociales), a Universidade da Carolina do Norte e a Universidade de Chicago (EUA). Selecionando alunos em todos os países da América Latina, a Flacso tornou-se um polo formador de cientistas sociais pós-graduados, já tendo formado mais de 2.500 mestres e doutores em diversas disciplinas. Seu auge foi durante os governos chilenos de Eduardo Frei e Salvador Allende.
A Flacso obedece a um regulamento interno, e seu organismo superior é a Assembleia Geral dos Estados-membros, que fixa a política geral da instituição. Dispõe ainda de um Conselho Superior, composto dos representantes dos países que têm sedes acadêmicas e de seis acadêmicos ilustres (eleitos pelos Estados-membros), um Comitê Diretivo, formado pelos diretores das unidades acadêmicas, um secretário-geral e um representante dos docentes. Cada unidade acadêmica tem um diretor (escolhido pela Assembleia Geral) e um Conselho Acadêmico, integrado pelos coordenadores de área, um representante dos professores-pesquisadores e um representante dos estudantes. A sede da Secretaria-geral situa-se na Costa Rica, desde 1979. Ela coordena a faculdade e representa juridicamente a entidade. O secretário-geral é também o secretário da Assembleia Geral, do Conselho Superior e do Comitê Diretivo.
Atualmente, a Flacso privilegia a cooperação com os governos – federais, estaduais e municipais –, as universidades, as entidades da sociedade civil e os organismos intergovernamentais, centrando suas atividades em políticas públicas na área social e nos processos de integração, sobretudo o Mercosul e a região amazônica.