Foi criada em 11 de agosto de 1966, no IV Congresso Latino-Americano de Estudantes (IV CLAE), realizado em Cuba, país-sede da entidade. Tem posicionamento anticapitalista e buscou inspiração em outras iniciativas estudantis do século XX, como os congressos universitários americanos de estudantes e, especialmente, a reforma universitária de Córdoba – que culminou com a greve de 1918.
Desde sua origem, a OCLAE funciona como instância mobilizadora e coordenadora das lutas anti-imperialistas do movimento estudantil do continente. Entre suas bandeiras e ações históricas estão: a luta dos estudantes pela solidariedade e contra o neoliberalismo, o imperialismo, o colonialismo, o neocolonialismo e a injustiça social; a solidariedade aos setores contrários ao pagamento da dívida externa e a crise econômica; a autonomia universitária, a liberdade e a pluralidade acadêmica; o princípio da educação pública e gratuita; a luta pela erradicação do analfabetismo e pelo bem-estar estudantil; e o estreitamento dos vínculos do movimento estudantil com a classe trabalhadora, os camponeses, os indígenas e com os setores populares e democráticos da sociedade civil.
Nos últimos anos, intensificou sua luta contra a mercantilização do ensino e a resistência à ofensiva das instituições de ensino de grande porte, principalmente norte-americanas, para incluir a educação nas negociações sobre serviços da Organização Mundial do Comércio (OMC) e para regular o sistema de educação a distância – as franquias, que visariam a padronização dos conteúdos curriculares e a ampliação da hegemonia do inglês sobre os demais idiomas, como forma de difusão da ideologia norte-americana.
A OCLAE tem buscado a interação dos estudantes também por meio dos esportes e de eventos internacionais como o Festival Mundial da Juventude e do Estudante, o Fórum Hemisférico e o Fórum Social Mundial (FSM), alinhando-se com os movimentos sociais em campanhas contra a ALCA, a guerra e o neoliberalismo. Como observadora internacional, participou do referendo da Venezuela vencido por Hugo Chávez, em 2004, convidada pelo Conselho Nacional Eleitoral da Venezuela. Em 2005, no Brasil, realizou o maior CLAE de sua história, com a participação de cerca de 10 mil jovens.
Em 2015, a OCLAE representava 36 federações estudantis de 23 países, somando mais de 100 milhões de filiados. Desde o novo milênio, a entidade tem se caracterizado pela luta em favor da educação gratuita e de qualidade na América Latina e no Caribe. A 17º CLAE, realizada em Manágua, na Nicarágua, em 2014, sob o tema “Por América Latina: pintando a nova educação, unidade e transformação”, discutiu a coesão dos movimentos estudantis e a conjuntura política na região.