Creada a partir de una propuesta de la Unesco, la Facultad Latinoamericana de Ciencias Sociales (Flacso) es una entidad intergubernamental fundada en 1957. Es autónoma, aunque mantenida por los Estados latinoamericanos. Creada para promover el desarrollo de las Ciencias Sociales en el continente, en un comienzo tenía una estructura dual: una parte dedicada a la docencia de posgrado, con sede en Santiago de Chile; y la otra consagrada a la investigación social comparada, con sede en Río de Janeiro, Brasil, llamada Centro Latinoamericano de Investigaciones Sociales.
Hasta 1968, la institución era financiada por la Organización de las Naciones Unidas (ONU) y sus proyectos integralmente financiados por la Unesco. Actualmente está financiada por los Estados miembro: Argentina, Brasil, Bolivia, Chile, Costa Rica, Cuba, Ecuador, Guatemala, Honduras, México, Nicaragua, Panamá, República Dominicana y Surinam. Dispone de diez unidades académicas: Argentina, Brasil, Chile, Costa Rica, Cuba, El Salvador, Ecuador, Guatemala, México y República Dominicana.
El primer director de la Escuela de Sociología fue José Medina Echaverría. Posteriormente se creó la Escuela de Economía y Administración Pública. Los primeros cuerpos docentes estaban integrados por profesores europeos como Peter Heinz, Lucien Brams y Johan Galtung. En 1960, Flacso celebró convenios con la antigua École Pratique des Hautes Études (París, Francia, hoy École des Hautes Études en Sciences Sociales), la Universidad de Carolina del Norte y la Universidad de Chicago (Estados Unidos). Seleccionando alumnos en todos los países de América Latina, Flacso se convirtió en polo formador de científicos sociales posgraduados y ya ha formado más de 2.500 licenciados y doctores en diversas disciplinas. Tuvo su mayor auge durante los gobiernos chilenos de Eduardo Frei y Salvador Allende.
Flacso obedece a un reglamento interno y su organismo superior es la Asamblea General de los Estados miembro, que fija la política general de la institución. También cuenta con un Consejo Superior, compuesto por los representantes de los países que tienen sedes académicas y por sus académicos ilustres (electos por los Estados miembro); un Comité Directivo, formado por los directores de las unidades académicas; un secretario general, y un representante de los docentes. Cada unidad académica tiene un director (escogido por la Asamblea General) y un Consejo Académico, integrado por los coordinadores de área, un representante de los profesores-investigadores y un representante de los estudiantes. La sede de la Secretaría General se encuentra en Costa Rica desde 1979. Allí se coordina la facultad y se representa jurídicamente a la entidad. El secretario general es también secretario de la Asamblea General, del Consejo Superior y del Comité Directivo.
Actualmente Flacso privilegia la cooperación con los gobiernos –federales, estatales y municipales–, las universidades, las entidades de la sociedad civil y los organismos intergubernamentales, y centra sus actividades en las políticas públicas del área social y en los procesos de integración, sobre todo el Mercosur y la región amazónica