Movimento político indígena do Equador constituído em 1986, no marco da adoção de políticas de privatização na América Latina, processo ao qual se opôs desde o início. Também se colocou contra os tratados de livre-comércio, em particular contra a Área de Livre Comércio das Américas (ALCA) e o Plano Colômbia; opôs-se ainda à submissão às políticas do Banco Mundial e à militarização da região.
Entre as principais nacionalidades que compõem o movimento estão: shuar, achuar, siona, secoya, cofáne, huao, zápara, chachi, tsáchila, awa, épera, manta-huancavilca e quíchua. A Conaie tem como reivindicações centrais a posse do solo e dos recursos naturais, a preservação do meio ambiente e o direito a manter a diversidade cultural das nações indígenas equatorianas, manifestando-se principalmente com marchas e bloqueios de estradas.
Em 1992 e 1994, ocorreram as primeiras grandes manifestações, mas a maior foi em 2000, quando a Conaie se integrou ativamente ao movimento que culminou com a renúncia de Jamil Mahuad e à formação de uma junta para governar o país. Seu então presidente, Antonio Vargas, participou dessa junta, integrada também por Carlos Solórzano, juiz aposentado da Suprema Corte e pelo coronel Lucio Gutiérrez. Mas foi por pouco tempo, até o vice-presidente Gustavo Noboa assumir a presidência, com o respaldo dos organismos internacionais. Nas eleições de 2000, a Conaie se associou ao movimento indígena Pachakutik para dar apoio a Gutiérrez, que foi eleito. Essa aliança teve vida curta, pois Gutiérrez rompeu os acordos e passou a reprimir fortemente os movimentos indígenas.
Em 2004, durante a II Conferência da Conaie, Luis Macas foi eleito presidente e contribuiu muito para a projeção da organização. Em 2005, denunciou os planos de expansão da extração de petróleo da Petrobras e deu apoio à vitória eleitoral de Evo Morales à presidência da Bolívia, com a esperança de fortalecer o movimento indígena na região.