Filho de um agricultor e uma enfermeira, Lucio Gutiérrez nasceu em Quito, mas foi criado na cidade de Tena, província de Napo, onde fez os estudos fundamentais, indo depois para o Colégio Militar Eloy Alfaro, em Quito. Aluno brilhante, graduou-se em 1977. Aos 21 anos era subtenente da Cavalaria e não tardou a atingir a patente de general.
Integrou a Junta Militar que substituiu o presidente eleito Jamil Mahuad, em 2000. A derrubada do presidente constitucional fora precipitada por grandes mobilizações populares e, na função de comandante militar, Gutiérrez não acatara as ordens de repressão dadas pelo presidente Mahuad. Assim, quando o vice-presidente Gustavo Noboa assumiu o poder, Gutiérrez foi preso e ficou encarcerado por seis meses.
Em um percurso similar ao do presidente venezuelano Hugo Chávez, saiu candidato a presidente em 2002, com apoio de movimentos de massa – Conaie e Pachakutik, entre outros. Porém, antes mesmo do segundo turno, Gutiérrez deu indicações de mudanças radicais de posição. De fato, logo após ter sido eleito, antes de tomar posse, viajou para os Estados Unidos e assinou um acordo de livre-comércio com o governo de George W. Bush. Desiludidos, os movimentos sociais romperam com ele e foram para a oposição.
Quando Gutiérrez decidiu dissolver a Suprema Corte de Justiça, alegando que ela teria tomado atitudes partidárias, desencadeou uma grande onda de mobilizações que reivindicavam sua renúncia. Foi constrangido a assinar seu pedido de renúncia em abril de 2005 e retirou-se para o exílio no Brasil, com a mulher e a filha. Ambas, contudo, logo retornaram a Quito. Retornou ao Equador, onde ficou preso até março de 2006.
Naquele mês, o Tribunal Superior de Quito cancelou as acusações e determinou sua imediata libertação. Logo depois, Lucio Gutiérrez anunciou seu retorno à vida política, mas foi impedido de concorrer nas eleições presidenciais de 2006 por ter perdido a elegibilidade por dois anos. Foi candidato nas eleições presidenciais de 2009 e de 2013, perdendo nas duas ocasiões para Rafael Correa.