Instituição continental não governamental, sem fins lucrativos, criada em 1967 por cientistas sociais de 35 instituições. Agrupava, em 2006, centros de investigação e programas de pós-graduação de 21 países da América Latina e do Caribe, com mais de 160 membros filiados. Sua fundação constituiu um momento importante das ciências sociais da região, que alcançaram um alto nível de elaboração com a formulação da problemática do desenvolvimento e da dependência. Seu primeiro secretário-executivo foi Aldo Ferrer (1967-70).
Durante as ditaduras militares que se espalharam pelo continente nos anos 1960 e 1970, o Clacso cumpriu um papel fundamental de preservação da autonomia e da capacidade de investigação científica regional, abrigando intelectuais exilados e proporcionando sua recolocação institucional. Durante a redemocratização nos anos 1980, o Conselho perdeu muito de seu caráter crítico, assumindo uma perspectiva liberal. Esse papel crítico foi, entretanto, retomado com a crise do neoliberalismo e a ascensão das esquerdas na região desde meados dos anos 1990.
O Clacso tem como objetivo a promoção e o desenvolvimento da pesquisa e do ensino nos mais diversos campos das ciências sociais latino-americanas, assim como o fortalecimento do intercâmbio e da cooperação entre instituições e pesquisadores da região e de outros lugares. Por meio dessas atividades, busca contribuir para repensar, de uma perspectiva crítica e plural, a problemática integral das sociedades do continente.
O Conselho desenvolve, entre outras atividades, as de organização e coordenação de grupos de trabalho temáticos, a cooperação entre regiões do Sul do mundo, concursos de bolsas para pesquisadores de distintos níveis, a publicação de livros produzidos por investigadores do continente, a divulgação da produção dos centros filiados mediante uma biblioteca virtual e bases de dados pela internet, a capacitação a distância para investigadores sociais por meio de um campus virtual, além da organização e participação em eventos internacionais.
O Clacso contava, em 2006, com 23 grupos de trabalho que se reuniam a cada 18 meses e mantinham o debate pelas listas de discussão virtual. Suas atividades são a base de um extenso programa de publicações. Por meio do Observatório Social (OSAL), iniciado em fevereiro de 2000, o Clacso promoveu a reflexão sobre as distintas formas que assume o antagonismo social na região, buscando contribuir para a revitalização do pensamento social latino-americano e proporcionando um espaço de intercâmbio para os movimentos sociais. Parte de suas atividades acadêmicas se expressava na Revista da OSAL, de análise permanente sobre o conflito social na região. Por meio do Programa Sul-Sul, iniciado em 1990, a instituição buscou o intercâmbio com centros de pesquisa africanos, consolidando uma primeira fase dessa integração, que se voltou, a partir de 2005, também para a Ásia.
Por meio do Comparative Research Programme on Poverty (CROP), programa iniciado em 1992 e sediado em Bergen, Noruega, a instituição busca promover a formação e a reflexão de experts em pobreza e facilitar o intercâmbio internacional dos pesquisadores da região, principalmente, com a África.
A estrutura do Clacso baseia-se num Comitê Diretivo, eleito pela assembleia de centros-membros. Conta com um secretário-executivo, também eleito pela assembleia e pelos centros filiados, cujo mandato, atualmente, é de três anos, renováveis por duas vezes. O secretário-executivo do Clacso de 1998 até 2006 foi o cientista político argentino Atílio Boron, precedido pela porto-riquenha Márcia Rivera, que exerceu o cargo entre 1992-1997. Emir Sader foi o secretario executivo entre 2006 e 2012, período em que a instituição passou a ter, pela primeira vez, sede própria, em Buenos Aires, Argentina.