A Universidade de Buenos Aires (UBA) foi fundada em 12 de agosto de 1821, já em um ambiente republicano, de independência, secularização e unificação da Argentina. Seu nascimento ocorreu pouco depois das reformas napoleônicas, na França, e da criação da Universidade de Berlim, na Alemanha, em 1810, por Wilhelm von Humboldt, com o objetivo de conciliar ensino e pesquisa.
A UBA inspirou-se mais no modelo napoleônico. Foi instituída sem compromisso com a investigação científica e, efetivamente, nos primeiros anos, formava quadros comprometidos com as profissões relacionadas às oligarquias.
O caudilhismo de Juan Manuel de Rosas (1829-1852) restringiu o orçamento universitário e tratou severamente os docentes. Embora os Departamentos de Estudos Preparatórios e de Jurisprudência tenham sido estimulados, os docentes dos demais cursos recebiam salários dos alunos. Até 1880, a UBA era uma universidade provincial. Para consolidar o espírito federativo, Julio Roca (presidente da República de 1880 a 1886) nacionalizou a universidade da capital do país. A autonomia universitária foi conquistada em 1885, com a Lei Avellaneda.
O movimento estudantil surgiu somente no século XX, com a realização de uma greve em 1905 na Faculdade de Medicina, e se ampliou para outros cursos, até o governo decretar estado de sítio. Em 1906, a UBA aprovou um novo estatuto, que permitia maior representação dos professores na gestão acadêmica. A Federação Universitária de Buenos Aires (FUBA) foi fundada em 1908.
A Reforma de Córdoba, da UNC , de 1918, teve reflexos na UBA, com a liberdade e a periodicidade de cátedra, o apoio à pesquisa científica, a modernização dos métodos de ensino e a cogestão universitária. A gratuidade do ensino foi conquistada somente em 1947, com o governo de Juan Domingo Perón.
Depois do golpe de Estado de 1966, o general Juan Carlos Onganía suspendeu a autonomia universitária e expulsou professores. Resistindo ao autoritarismo, em 29 de julho de 1966, professores e estudantes ocuparam cinco faculdades. Aconteceu então o episódio conhecido como La Noche de los Bastones Largos, uma violenta repressão dentro do campus. Em 1973, Héctor J. Cámpora foi eleito presidente e designou para a reitoria Rodolfo Puiggrós, que promoveu uma renovação pedagógica na UBA.
O regime militar instalado em 1976 reinstituiu o ensino pago na universidade, permitindo a cobrança de mensalidades e exigindo uma prova de seleção para ingresso no ensino superior, o famigerado vestibular. O conjunto das universidades conheceu então a mais forte ditadura da história argentina: os campi foram ocupados, e professores, estudantes e funcionários foram perseguidos, muitos dos quais exonerados, expulsos, exilados, encarcerados, torturados e mortos.
O retorno à democracia, em 1983, e a eleição do presidente Raúl Ricardo Alfonsín permitiram a reconquista da autonomia, a abolição do ensino pago e a extinção das provas de admissão. A UBA instituiu, então, o Ciclo Básico Comum (CBC), o rol de disciplinas em que os estudantes deveriam obter aprovação para, de fato, ingressar no curso escolhido. Na década de 1990, o governo Carlos Saúl Menem (1989-1999) promoveu o Programa de Reforma da Educação Superior, financiado pelo Banco Mundial, que estimulava reformas de tipo concorrencial-privatizante.
A UBA, segundo o Ministério da Cultura e Educação, em 2003, tinha 324.066 alunos matriculados e 11.450 professores. Funciona com uma administração colegiada (cogestão). O reitor preside o Conselho Superior, que é composto dos decanos das treze faculdades e dos representantes dos professores, estudantes e egressos. Cada faculdade é administrada por um decano, que preside o Conselho Diretivo, formado, a partir de eleições diretas, por oito representantes dos professores, quatro dos estudantes e quatro dos graduados. Registre-se, enfim, que pelas salas de aula da UBA, como professores ou estudantes, passaram cinco prêmios Nobel: Carlos Saavedra Lamas, Paz (1936); Bernardo Houssay, Fisiologia (1947); Luis Federico Leloir, Química (1970); Adolfo Pérez Esquivel, Paz (1980); César Milstein, Fisiologia (1984).