Con sede en la Facultad de Economía y, posteriormente, en la de Economía Política de la Universidad de Chile (UC), el CESO fue fundado en 1961. Este importante centro de elaboración del pensamiento latinoamericano en los años 60 y 70 desarrolló una fuerte crítica al capitalismo dependiente y a los fundamentos intelectuales de sus políticas neoliberales o desarrollistas y reformistas, rivalizando con el ILPES y la CEPAL en su propuesta de transición al socialismo como solución para los problemas endémicos de pobreza y desigualdad en la región. El CESO reunió a aquellos intelectuales que, exiliados por golpes militares o interesados en los procesos políticos latinoamericanos, se radicaron en Chile. Entre 1967 y 1973 formaron parte de su equipo, entre otras personalidades destacadas, los brasileños Theotônio dos Santos, Vania Bambirra, Ruy Mauro Marini, Emir Sader, Eder Sader, Marco Aurélio Garcia, Jorge Mattoso y Teodoro Lamounier; los argentinos Tomás Vasconi e Inés Recca; los cubanos Germán Sánchez y José Bell Lara; el alemán Andre Gunder Frank y el francés Régis Debray. Ese grupo se sumó a los chilenos Pedro Vuscovick, Alberto Martínez, Pío García, Orlando Caputo, Martha Harnecker, Cristóbal Kay, Sergio Ramos, Roberto Pizarro, Jaime Osorio, Cristian Sepúlveda, Álvaro Briones y Silvia Hernández, entre otros.
La participación de investigadores y economistas del CESO en el gobierno de Salvador Allende –como Pedro Vuscovick, ministro de Planeamiento, y Sergio Ramos, su asesor, u Orlando Caputo, director de la empresa de cobre Codelco– hizo que su dirección quedara en manos de extranjeros y al mismo tiempo aumentó su influencia sobre las políticas de Unidad Popular (UP). Contratado por sugerencia de Florestan Fernandes en 1966, Theotônio dos Santos asumió la dirección de investigación en 1967 y la dirección general del organismo en 1972.
Foro de debates de la izquierda chilena, el CESO fue el principal centro de formulación de la teoría de la dependencia y embrión de los análisis del sistema-mundo. Sus líneas de investigación se concentraron en tres grandes formaciones: el imperialismo, la dependencia y el socialismo. Paralelamente a estos estudios se dictaban seminarios –entre ellos, uno acerca de El capital, de Karl Marx, coordinado por Ruy Mauro Marini–. Otros, más generales, tuvieron gran importancia política –como el de transición al socialismo, coordinado por Martha Harnecker–.
Entre las principales publicaciones o productos del CESO cabe mencionar, además de la revista Sociedad y desarrollo, trabajos clásicos como Dialéctica de la dependencia, de Ruy Mauro Marini; El nuevo carácter de la dependencia y Dependencia y cambio social, de Theotônio dos Santos; El capitalismo dependiente latinoamericano y Diez años de insurrección en América Latina, con autoría y coordinación de Vania Bambirra; Dependencia y relaciones económicas internacionales, de Orlando Caputo y Roberto Pizarro, y los escritos de Frank que dieron origen a los libros Acumulación mundial: 1492-1789 y Acumulación dependiente y subdesarrollo.
El golpe militar chileno destruyó el CESO y dispersó a sus integrantes, quienes, forzados al exilio, se rearticularon parcialmente en México a mediados de los años 70.