Fernando Henrique Cardoso nació en Río de Janeiro y es hijo de un general del Ejército que había ingresado al Partido Comunista. A los ocho años se mudó a São Paulo, ciudad en la que se estableció. Estudió Ciencias Sociales en la Universidad de São Paulo (USP) y luego fue profesor de sociología y asistente de Florestan Fernandes. Con el golpe militar de 1964 fue expulsado de la universidad y se exilió en Chile y, posteriormente, en Francia, donde, como profesor de la Sorbona, fue testigo de la explosión de mayo del 68. Es autor de importantes obras sobre economía, política y sociedad brasileñas y, junto con el chileno Enzo Faletto, ha creado la teoría de la dependencia, consagrada en el libro Dependência e desenvolvimento na América Latina (Dependencia y desarrollo en América Latina) (1969). En 1972 publicó O modelo político brasileiro, en el cual habla del “Estado autoritario” en el país y es el mismo tema que plantea en Autoritarismo e democracia (Autoritarismo y democracia) (1975).
Volvió al país a fines de los años 60 y fundó un centro privado de investigación, el Centro Brasileño de Análisis y Planeamiento (Cebrap). En esa época ingresó al Movimiento Democrático Brasileño (MDB), partido de oposición a la dictadura militar. En 1978 resultó electo como suplente de senador y asumió la banca en el Senado en 1983.
Como candidato a alcalde de la ciudad de São Paulo (1985) fue derrotado por el ex presidente Jânio Quadros. En 1986 resultó electo senador y, luego, fue reelegido en 1988. Fue uno de los artífices de la disidencia del MDB que dio origen al Partido de la Social Democracia Brasileña (PSDB), del cual fue fundador.
Durante el gobierno de Itamar Franco, después de la caída de Fernando Collor de Mello, fue ministro de Relaciones Exteriores y, posteriormente, fue transferido al Ministerio de Hacienda. Estando en ese cargo lanzó el Plan Real, un plan de estabilización económica de carácter neoliberal. A raíz del éxito monetario del plan, que contuvo la inflación, en 1994 fue elegido presidente de la República en representación de una coalición entre su partido y el conservador Partido del Frente Liberal, actual DEM, derrotando a Luiz Inácio Lula da Silva, del Partido de los Trabajadores (PT), en la primera vuelta.
Promovió el mayor proceso de privatizaciones que conoció el país. Toda la industria siderúrgica fue entregada a manos privadas, al igual que las telecomunicaciones y una parte del sector eléctrico. En 1997 rompió el monopolio estatal del petróleo y mantuvo en manos de la nación sólo el 51% de las acciones con derecho a voto en la empresa Petrobras (36% del capital total). Reprimió huelgas, como la de los petroleros en 1995, y movilizaciones en pro de la reforma agraria, como las del MST.
En 1998 fue reelegido presidente después de conseguir que el Congreso modificara la norma constitucional que prohibía la reelección. Sin embargo, como consecuencia de su política económica liberal, que lo llevó a mantener el valor del dólar congelado y sobrevaluado durante todo su primer mandato, el país sufrió en 1999 una grave crisis cambiaria, lo que lo obligó a desvalorizar fuertemente la moneda, a elevar las tasas de interés de manera astronómica (los intereses llegaron al 49% anual para contener la fuga de capitales) y a tener que recurrir a un nuevo préstamo del FMI. Su sucesor José Serra, entonces ministro de Salud, no logró ser elegido y fue derrotado por Lula en las elecciones presidenciales de 2002. Preside el Instituto Fernando Henrique Cardoso y es presidente de honor del PSDB.