Autor do que já foi definido como “cubismo inca”, Fernando de Szyszlo estudou arquitetura na Escola Nacional de Engenharia e na Faculdade de Artes Plásticas da Universidade Católica de Lima. Nesta última teve como mestre o pintor expressionista austríaco Adolfo Winternitz. Artista culto, marcou sua obra tanto pelas influências pictóricas – Klee, Miró, Matisse, Vermeer, Chirico e Picasso –, quanto literárias – Valdelomar, Westphalen, José María Arguedas, Julio Cortázar e Mario Vargas Llosa. Começou a apresentar suas obras em 1945, na sua cidade natal, sempre marcadas pelo espírito vanguardista, no início ainda em torno do figurativismo, como seu Autorretrato, de 1946.
Aos 24 anos viajou para a Europa, onde estudou as obras de Rembrandt e Tintoretto e absorveu várias influências das vanguardas. Em Paris, frequentou o grupo de escritores e intelectuais que se encontravam regularmente no Café de Flore. Ali começou a orientar seu caminho para a participação no movimento internacional da arte moderna, preservando as raízes da cultura latino-americana. Ficaram famosas as reuniões em seu apartamento parisiense, nas quais Breton, Lacan, Michaux, Octavio Paz, Adolfo Bioy Casares e Ernesto Cardenal dançavam boleros enquanto o pintor mexicano Rufino Arellanes Tamayo tocava violão.
Entre 1950 e 1955, de volta ao Peru, tornou-se um dos principais defensores do abstracionismo e passou a expor em várias cidades da América Latina e dos Estados Unidos. Sua obra voltou-se cada vez mais para as influências das formas pré-coloniais (com títulos na língua quíchua), o que marcou a originalidade de suas formas, combinando as vanguardas europeias com alusões aos deuses nativos, a Machu Picchu. Em 1958, assumiu o cargo de professor titular de pintura na Universidade Católica de Lima. Em 1962, nos Estados Unidos, foi professor visitante na University of Cornell, Ithaca e, em 1966, conferencista visitante da University of Yale, New Haven.
Nos anos 60, compôs séries famosas como Apu Inca Atawallpaman (1963) e Paisaje (1969). Entre as décadas de 1970 e 1980, elaborou novas séries pictóricas dentro de uma tendência expressionista e abstrata de forte cromatismo, como Interiores (1972), Waman Wasi (A Casa do Falcão, 1975) e Anabase (1982), esta refletindo sua contínua experimentação com os espaços abertos, nos quais joga com a luz, os reflexos e a profundidade. Participou da XXIX Bienal de Veneza, em 1958, da Bienal de São Paulo em 1957 (edição IV, quando recebeu menção honrosa), em 1959 (V), em 1961 (VI, organizada pelo crítico brasileiro Mário Pedrosa) e em 1975 (XIII), na qual apresentou, em uma sala especial, as séries de pintura Waman Wasi e outra de gravuras coloridas.
Em 1981, compôs um mural para a sede da OEA. Em 2001, foi publicado o livro Szyszlo. Travesía , de Mariella Balbi, uma longa entrevista que passa em revista a vida do artista. Em 2005, recebeu a Gran Cruz da Orden José Gregorio Paz Soldán, enquanto era presidente da Comissão Consultiva de Cultura do Ministério das Relações Exteriores do Peru. Em outubro do mesmo ano, a Galeria Kreisler, de Madri, inaugurou a primeira grande exposição individual do artista na Espanha. Szyszlo, atualmente, vive em Lima, Peru.