Nasceu em 20 de julho, na capital da Martinica. Durante a Segunda Guerra Mundial, lutou na África do Norte como soldado do exército francês e, aos vinte anos, já havia sido condecorado como veterano de guerra. Em 1945, retornou à Martinica e colaborou na campanha de Aimé Césaire, seu amigo e mentor intelectual, para a prefeitura de Fort-de-France.
Formado em medicina na França, com especialização em psiquiatria, em 1951 voltou mais uma vez a sua Ilha. Em 1952 casou-se com uma francesa em Paris e seguiu para a Argélia, assumindo o posto de chefe do Departamento de Psiquiatria do hospital de Blida-Joinville. Passou a lutar contra o colonialismo, como membro da Frente de Libertação Nacional (FLN).
Em 1960 descobriu ter leucemia, mas continuou com suas atividades intelectuais e políticas. Morreu um ano antes de a Argélia conquistar sua independência, em 6 de dezembro de 1961, em Washington, nos Estados Unidos.
Leitor apaixonado das obras de Karl Marx, Fanon procurou formular uma síntese do marxismo com o existencialismo de Sartre, a psicanálise e a corrente teórica conhecida como “Negritude”, que tem como um de seus expoentes Aimé Césaire. No livro Os condenados da terra, um marco teórico do anticolonialismo, de 1961, com prefácio de Sartre, Fanon afirma que o colonizador extrairia sua “verdade”, ou melhor, seus bens, do sistema colonial. Segundo ele, a marginalização social seria inerente ao sistema colonial e a revolução libertadora não poderia depender apenas da classe operária e do proletariado industrial, mas também de suas alianças com outros setores da sociedade, principalmente os marginalizados.
Entre seus trabalhos destaca-se Peau noire, masques blancs (Pele negra, máscaras brancas), de 1952, seu primeiro livro. Como psiquiatra estudou o racismo e a forma como ele é internalizado por suas vítimas.