El inicio de la educación superior en la Argentina se remonta al año 1613, cuando la Diócesis de Córdoba, dirigida por el obispo Hernando de Trejo y Sanabria, comenzó a dictar los cursos de latín, artes y teología dictados por la orden jesuita en el Colegio Máximo. La bula del 8 de agosto de 1621 del papa Gregorio XV, confirmada por el rey Felipe IV el 2 de febrero de 1622, autorizó al colegio a otorgar títulos, hecho que, formalmente, implicaba la inauguración de la universidad.
Por orden de Carlos III, los jesuitas fueron expulsados de la Argentina en 1767. La administración fue transferida a la congregación franciscana. En 1783, el virrey Juan José de Vértiz le otorgó un nuevo estatuto y nombró al rector de la universidad.
Hasta fines del siglo XVIII, la Universidad de Córdoba ejercía actividades que se restringían a la formación filosófica y teológica. El virrey Nicolás Antonio Arredondo autorizó en 1791 el funcionamiento de los estudios de leyes (Cátedra de Institura ), contribuyendo, de esta manera, al nacimiento de la futura Facultad de Derecho. En 1800, la Universidad de Córdoba cambió su nombre por el de Real Universidad de San Carlos y de Nuestra Señora de Montserrat. En su obra “ Ilustración ” y educación superior en Hispanoamérica: siglo XVIII (Buenos Aires: Academia Nacional de Educación, 1997, p. 77), Gregorio Weinberg afirma que:
diferente es el caso argentino, pues en su territorio funcionaba la Universidad de Córdoba, cuyos primeros estatutos son de 1664 […] La primera innovación en materia de estudios teológicos –hay que recordar que era una típica institución de la Contrarreforma– fue la creación de la “Cátedra de Institura” (1791).
En 1820, en su camino hacia la secularización, la Universidad pasó a depender de la provincia por orden del gobernador general Juan Bautista Bustos. En 1856, con la unificación del Estado y la consolidación de la República, comenzó a depender de la Nación. Cabe destacar que, hasta mediados del siglo XIX, el país tenía dos universidades, ambas provinciales, la Universidad de Córdoba y la Universidad de Buenos Aires (UBA) , fundada en 1821 y nacionalizada en 1881.
El primer foco de la reforma universitaria en América Latina tuvo lugar a los pies de las sierras de Córdoba, en el año 1918. La Reforma de Córdoba se caracterizó por las propuestas de cogestión (administración compartida entre profesores, estudiantes y graduados), por la no obligatoriedad de la asistencia a clases, por la libertad y periodicidad de cátedra
y por el establecimiento de concursos para acceder al cargo de profesor. A pesar de no haber sido aprobada como propuesta en el Congreso de Estudiantes de 1918, la gratuidad de la enseñanza fue instituida durante el primer gobierno de Juan Domingo Perón, en 1947.
En los debates sobre la modernización de las universidades latinoamericanas es común encontrar la referencia a la Reforma de Córdoba de 1918. Como Prometeo en el mito griego, que le obsequió a la humanidad el control del fuego, el movimiento estudiantil de Córdoba hizo nacer el espíritu de lucha por la democratización de la universidad. Simbólicamente, la comunidad académica de las universidades latinoamericanas tiene una deuda histórica con el movimiento de los estudiantes de Córdoba.
Esos logros estimularon a la comunidad académica a ejercer resistencia contra las dictaduras, como la de Juan Carlos Onganía (1966) y la de la Junta Militar (1976), así como contra los gobiernos adeptos a las privatizaciones, como lo fue, en la década de 1990, el de Carlos Saúl Menem, quien, en el campo de la política económica, emprendió un liberalismo ortodoxo, y en el ámbito universitario ideó el Programa de Reforma de la Educación Superior (PRES) con financiamiento del Banco Mundial.
Según el Ministerio de Cultura y Educación, la UNC tenía, en 2014, 111.329 alunos. La administración es colegiada. La Asamblea General y el Consejo Superior, presididos por el rector, están compuestos por los representantes de los profesores, estudiantes y graduados. Cada una de las once facultades posee un Consejo Directivo, presidido por un decano electo mediante sufragio directo.