Juan Carlos Onganía nació el 17 de marzo de 1914 en Marcos Paz, provincia de Buenos Aires. Estudió en el Colegio Militar, en el cual se graduó como teniente. En 1959 ascendió al grado de general de brigada en el arma de Caballería. En 1962 comandó el denominado “bando azul”, un grupo que dentro de la estructura militar se oponía al más conservador “colorado”, y que triunfó en el combate interno de las Fuerzas Armadas durante la presidencia de José María Guido, llegando a obtener, de esa manera, el grado de comandante en jefe del Ejército. En 1965 renunció al comando del Ejército para planificar su llegada al gobierno mediante un futuro golpe de Estado. En 1966 dirigió la autodenominada “revolución argentina”, a través de la cual derrocó al presidente constitucional Arturo U. Illia.
Asumió como presidente el 30 de junio de 1966. Poco tiempo después decretó la intervención policial de las universidades. Ese hecho generó protestas de docentes y estudiantes, las cuales fueron reprimidas en la llamada “Noche de los bastones largos”. Estableció una estricta censura a la prensa y a toda manifestación cultural, al igual que una fuerte persecución a cualquier frente opositor, tanto a organizaciones sindicales como guerrilleras. Por medio de su ministro de Economía, Adalbert Krieger Vasena, instituyó un programa económico que privilegió a los grandes empresarios, la inversión extranjera, las importaciones y la venta de empresas argentinas al exterior, en perjuicio de las exportaciones y de la promoción de las pequeñas y medianas empresas nacionales.
En 1969 tuvo lugar el Cordobazo, protagonizado principalmente por estudiantes y obreros de la industria automotriz de la ciudad de Córdoba, en rechazo a la política económica y a los constantes actos de represión. Se produjeron fuertes enfrentamientos entre los manifestantes y la policía, que tuvo que retirarse. Poco tiempo más tarde fueron asesinados el líder sindical metalúrgico Augusto Timoteo Vandor y el ex presidente militar Pedro Eugenio Aramburu. Tales acontecimientos, sumados a las constantes presiones por parte del Ejército, determinaron un nuevo “golpe interno”, que destituyó a Onganía y nombró presidente al general Roberto Marcelo Levingston.