La Universidad de Buenos Aires (UBA) fue fundada el 12 de agosto de 1821, en una Argentina que ya se había transformado en un país republicano, independiente, secular y unificado. Su nacimiento tuvo lugar poco después de las reformas napoleónicas, en Francia, y de la creación de la Universidad de Berlín (Alemania), en el año 1810, por Wilhelm von Humboldt, con el objetivo de conciliar la enseñanza y la investigación.
La UBA se inspiró más en el modelo napoleónico. Fue instituida sin un compromiso con la investigación científica y, efectivamente, en sus primeros años, formaba a los estudiantes en profesiones relacionadas con las oligarquías.
El caudillismo de Juan Manuel de Rosas (1829-1852) restringió el presupuesto universitario y trató severamente a los docentes. Si bien fueron estimulados los Departamentos de Estudios Preparatorios y de Jurisprudencia, los docentes de los demás cursos recibían sus salarios directamente de los alumnos. Hasta 1880, la UBA era una universidad provincial. Para consolidar el espíritu federativo, Julio Argentino Roca (presidente de la República desde 1880 hasta 1886) nacionalizó la universidad de la capital del país. La autonomía universitaria fue adquirida en 1885, con la Ley Avellaneda.
El movimiento estudiantil surgió recién en el siglo XX, con la realización de una huelga en el año 1905, en la Facultad de Medicina, y se extendió a otros cursos, hasta que el gobierno decretó el estado de sitio. En 1906, la UBA aprobó un nuevo estatuto que permitía a los profesores mayor representación en la gestión académica. La Federación Universitaria de Buenos Aires (FUBA) fue fundada en 1918.
La Reforma de Córdoba, de la UNC de 1918, se hizo eco en la UBA, con la libertad y la periodicidad de cátedra, el apoyo a la investigación científica, la modernización de los métodos de enseñanza y la cogestión universitaria. La gratuidad de la enseñanza fue un logro del año 1947, durante el gobierno de Juan Domingo Perón.
Después del golpe de Estado de 1966, el general Juan Carlos Onganía suspendió la autonomía universitaria y expulsó a algunos profesores. Como acto de resistencia contra el autoritarismo, el 29 de julio de 1966, diversos profesores y estudiantes ocuparon cinco facultades. A consecuencia de ello, tuvo lugar el episodio conocido como La Noche de los Bastones Largos, que se trató de una violenta represión dentro del edificio de la facultad. En 1973, Héctor J. Cámpora resultó electo presidente y nombró, para hacerse cargo de la rectoría, a Rodolfo Puiggrós, quien promovió una renovación pedagógica en la UBA.
El régimen militar instaurado en 1976 reinstituyó la enseñanza paga en la universidad, permitiendo el cobro de aranceles y exigiendo un examen de ingreso para tener acceso a la enseñanza superior. El conjunto de las universidades conoció, entonces, la más feroz dictadura de la historia argentina: las facultades fueron ocupadas y los profesores, estudiantes y personal no docente fueron perseguidos y, muchos de ellos, exonerados, expulsados, exiliados, encarcelados, torturados y asesinados.
El regreso de la democracia en 1983 y la elección del presidente Raúl Ricardo Alfonsín permitieron la recuperación de la autonomía, la abolición de la enseñanza paga y la extinción de los exámenes de ingreso. La UBA instituyó, entonces, el Ciclo Básico Común (CBC), que se trata de un grupo de materias comunes a diversas carreras que los estudiantes deberían aprobar para, de hecho, ingresar a la carrera de su elección. En la década de 1990, el gobierno de Carlos Saúl Menem (1989-1999) promovió el Programa de Reforma de la Educación Superior, financiado por el Banco Mundial, que estimulaba reformas de tipo competitivo-privatizador.
Según el Ministerio de Cultura y Educación, en 2003, la UBA contaba con 324.066 alumnos matriculados y 11.450 profesores. Funciona como una administración colegiada (cogestión). El rector preside el Consejo Superior, que se compone de los decanos de las trece facultades y de los representantes de los profesores, estudiantes y egresados. Cada facultad es administrada por un decano, que preside el Consejo Directivo, formado por ocho representantes de los profesores, cuatro de los estudiantes y cuatro de los graduados elegidos en una votación directa. Finalmente, cabe destacar que por las aulas de la UBA pasaron, ya sea como profesores o estudiantes, cinco premios Nobel: Carlos Saavedra Lamas, Paz (1936); Bernardo Houssay, Fisiología (1947); Luis Federico Leloir, Química (1970); Adolfo Pérez Esquivel, Paz (1980); César Milstein, Fisiología (1984).