A Confederação de Trabalhadores do Peru (CTP) é fruto da ação de uma importante corrente política que cresceu no país após o enfraquecimento das correntes anarquistas: a Aliança Popular Revolucionária Americana (APRA), fundada em 1924, por Haya de La Torre, que defendia a necessidade de uma frente anti-imperialista e a consolidação de um capitalismo nacionalista, com forte presença do Estado e dirigido, sobretudo, pelas camadas médias. A APRA transformou-se em partido político em 1931.
Em 1944, a APRA e o Partido Comunista peruano, após assinarem o Pacto Sindical de Santiago, em um contexto de colaboração de classes, em virtude da luta contra o fascismo, fundaram a CTP, que ficou, a partir de 1945, sob o controle aprista.
Nas décadas de 1950 e 1960, o aprismo adotou uma postura mais conservadora, com o fortalecimento das correntes favoráveis à negociação e à colaboração com o governo. A consequência, no campo sindical, foi que a CTP passou a defender o sindicalismo “livre e democrático”, vinculando-se à Organização Regional Interamericana de Trabalhadores (ORIT) – entidade de apoio ao bloco ocidental na Guerra Fria – e cooperando com o governo dos Estados Unidos no combate ao comunismo.
Na década de 1990, somaram-se à CTP e à Confederação Geral de Trabalhadores do Peru – CGTP (fundada em 1968) – outras duas centrais: a Confederação Autônoma de Trabalhadores do Peru (CATP) e a Central Unitária de Trabalhadores (CUT). Em julho de 2004, elas uniram esforços para promover uma paralisação geral em protesto contra a política econômica e a corrupção do governo, além da escalada dos níveis de desemprego e de miséria da população.