Tránsito Amaguaña lutou durante toda a vida em defesa dos direitos humanos dos indígenas. Conheceu de perto a exploração da mão de obra indígena, pois seus pais eram huasipungueros (trabalhadores com vínculo vitalício à hacienda, em um sistema de dependência semelhante à escravidão) na província de Pichincha, onde nasceu. Em contato com os incipientes movimentos indígenas, conheceu Dolores Cacuango e decidiu unir-se à luta pela terra e pelos direitos indígenas, assistindo também a reuniões do nascente Partido Comunista.
Participou da criação dos primeiros sindicatos agrícolas do Equador e da primeira greve de trabalhadores agrícolas de Olmedo (1931). Em 1944, fundou a Federação Equatoriana de Indígenas (FEI), juntamente com Nela Martínez, Jesús Gualavisí e Dolores Cacuango. Por iniciativa própria e sem apoio do governo, Tránsito Amaguaña fundou, em 1945, quatro escolas bilíngues (quíchua-espanhol) na região de Cayambe. Em 2003, ganhou o Prêmio Eugenio Espejo e o direito a uma pensão mensal vitalícia. Morreu em maio de 2009, depois de passar boa parte da velhice sozinha, numa pequena chácara junto ao vulcão Cayambe.