Historiador, sociólogo y filósofo, fue uno de los pensadores más influyentes de América Latina, debido a su interpretación de la historia de la conquista del continente a partir del enfoque del desarrollo del capitalismo. Dio clases en la Argentina, Chile, los Estados Unidos, Venezuela, Perú y Uruguay. Dejó su país en 1966 debido a las persecuciones políticas, y en 1974 comenzó a desempeñarse como profesor e investigador de la Universidad Autónoma de México (UNAM). Murió en ese país a los 91 años de edad.
Desde la publicación de Economía de la sociedad colonial (1949), Bagú cuestionó el pretendido pasado feudal de América Latina. Según su concepción, las colonias españolas y portuguesas constituían un capitalismo colonial. También destacó el papel del colonialismo y del tráfico de esclavos en la acumulación primitiva de capital. Esas ideas influyeron en diversos intelectuales, entre ellos los brasileños Caio Prado Júnior y Florestan Fernandes.
Otro trabajo importante, Estructura social de la colonia (1952), ayudó a romper el aislamiento entre las diferentes ciencias sociales en América Latina. Bagú reconocía la pluralidad de variables políticas, sociales y económicas presentes en el contexto histórico de la región. Para él, la búsqueda que hace el sociólogo de una perspectiva histórica para su análisis, así como la del historiador que se orienta hacia un análisis sociológico de una coyuntura, permite atravesar la frontera de la especialidad, enriqueciendo la propia capacidad analítica.
Autor de Marx–Engels: diez conceptos fundamentales. Génesis y proyección histórica (1972), Bagú desarrolló en sus textos un marxismo y un socialismo latinoamericanos, teniendo como una de sus principales referencias al peruano José Carlos Mariátegui. De esa forma, no se limitó a importar ideas del marxismo: buscó entender a América Latina para entonces dialogar dialécticamente con el ideario marxista, apuntando a la transformación del continente. Fue ésa la perspectiva de Argentina 1875-1975: población, economía, sociedad (1983).
Esa trayectoria le valió el reconocimiento internacional. En 1990 ganó, en México, el Premio Universidad Nacional. En 1993, en la Argentina, el premio Aníbal Ponce. También fue homenajeado por el Consejo de Cooperación con la Cultura y la Ciencia de El Salvador, con el Premio Especial Roque Dalton. En 2001, la Universidad de Buenos Aires le otorgó el doctorado honoris causa.