Em 1926, Argentina e Paraguai assinaram em Washington um acordo sobre o aproveitamento hidrelétrico das quedas de Yacyretá e Apipé, no rio Paraná. Foi somente em 1973, porém, sob a pressão do primeiro choque internacional do petróleo, que os dois países firmaram o tratado que, em 1979, criou a Entidade Binacional Yacyretá, visando a construção da grande hidrelétrica.
A construção iniciou-se em dezembro de 1983 (um ano depois da inauguração de Itaipu) e deu origem a um lago artificial de 1.220 km². A primeira turbina começou a funcionar em setembro de 1994 e, desde julho de 1998, as vinte turbinas inicialmente previstas já estavam em operação, com uma capacidade total de 2.700 megawatts (equivalente a 10% da capacidade total de geração argentina, ou 21% de Itaipu), ao custo final de US$ 8 bilhões. Essa capacidade poderá ser ampliada em até 50% até 2008, o que aumentaria a extensão do lago para 1.600 km² e exigiria mais vinte turbinas.
Entre 1995 e 1997, tentando salvar a conversibilidade do peso ante o desequilíbrio das contas fiscais e externas, o governo argentino tentou privatizar sua metade da binacional, mas a proposta não foi bem aceita pelos parlamentos de ambos os países e acabou sendo abandonada.
Em 2015, a direção da usina anunciou o aumento da geração de energia para 20.000 GWh por ano.