Com o nome inicial de Real e Pontifícia Universidade de São Gerônimo de Havana, a Universidade de Havana (UH) nasceu em 1721, com a bula do papa Inocêncio XIII. O rei Felipe V da Espanha, em 1728, expediu a carta real de reconhecimento. Sua administração foi confiada à ordem dominicana, a mesma de Tomás de Aquino (1225-1274), teólogo e professor da medieval Universidade de Paris.
Da mesma forma que outras universidades latino-americanas do século XVIII, a UH foi instituída para formar quadros e profissionais para o Estado colonial e a Igreja Católica. Sua história pode ser dividida em cinco etapas: 1) teológico-colonial (1728-1842); 2) colonial-secular (1842-1898); 3) neocolonial-republicana (1899-1958); 4) revolucionária (1959-1976); e 5) socialista (pós-1976).
Secularização e luta independentista
A primeira etapa corresponde ao predomínio do pensamento católico e da política colonial espanhola.
Na segunda fase, ocorreu a secularização da universidade a partir da ordem real, em 1842, de expulsão dos dominicanos da instituição e de estabelecimento do novo Plano Geral de Estudos e do novo Regimento Universitário. Com isso a Real e Pontifícia Universidade de São Gerônimo de Havana foi transformada em Real e Literária Universidade de Havana. Dois fatos marcam essa etapa: o fuzilamento, em 1871, de oito estudantes de medicina, por terem participado de movimentos em favor da independência, e a morte, em 1895, de José Martí, herói da independência e autor das primeiras ideias de formação de uma universidade popular.
O fim da soberania espanhola e a ocupação militar norte-americana de Cuba, em 1899, caracterizaram o início da terceira fase, em que a instituição foi rebatizada, assumindo o nome Universidade de Havana. Esse foi o período das lutas pela independência e pela reforma universitária. As agitações pela reforma atingiram seu apogeu após 1922, quando o reitor da Universidade de Buenos Aires (UBA), José Arce, proferiu a conferência “A Evolução das Universidades Argentinas”, tratando das consequências da Reforma de Córdoba de 1918. O organizador do I Congresso Nacional dos Estudantes de 1923, Julio Antonio Mella, expulso de Cuba em 1925, foi assassinado, em seu exílio no México, por agentes do ditador cubano Gerardo Machado, em 10 de janeiro de 1929.
Em virtude de forte pressão popular, em 12 de agosto de 1933, o presidente Gerardo Machado renunciou. Menos de um mês depois, eclodiu um movimento militar com o apoio dos estudantes, e um professor, Ramón Grau San Martín, assumiu a presidência do país. A Universidade de Havana conquistou a autonomia em 1933 e a cogestão em 1934. Houve um retrocesso na política cubana e, em 7 de março de 1935, a Universidade de Havana foi ocupada militarmente. Menos de quatro meses depois a autonomia universitária estava aniquilada. A normalidade constitucional só voltou em 1940 com a nova Carta Magna.
Fases revolucionária e socialista
Em 10 de março de 1952, Fulgencio Batista assumiu o poder por meio de um golpe de Estado, iniciando um novo período de ditadura e de perseguições à UH. A comunidade acadêmica envolveu-se na resistência democrática. A revolução comandada por Fidel Castro e Ernesto Che Guevara triunfou em 1959, marcando o início da quarta fase, quando a instituição começou a se adaptar aos ideais revolucionários.
Em 10 de janeiro de 1962, o novo governo publicou a Lei de Reforma da Educação Superior, com o intuito de popularizar as instituições universitárias do país. Ernesto Che Guevara testemunhou somente os anos inaugurais dessa etapa, pois, em 8 de outubro de 1967, seria assassinado na Bolívia.
A partir de 1976, a Universidade de Havana entrou em sua quinta fase histórica, quando a nova Constituição de Cuba foi aprovada, instituindo uma nova estrutura universitária. A gestão passou a ser compartilhada com professores, trabalhadores e alunos. Até hoje, as resoluções finais da UH são de competência do reitor, autoridade máxima, que é assistido por cinco vice-reitores, formando o núcleo principal gestor chamado Direção Universitária. A Universidade de Havana é constituída por 21 faculdades e tem um quadro de 60 mil estudantes matriculados.