Cineasta, Hector Eduardo Babenco ainda jovem viveu no Brasil e na Europa. Durante a década de 1960, trabalhou na produção de cerca de quarenta filmes na Espanha. Depois de dirigir curtas-metragens institucionais no Brasil, fez, em 1976, seu primeiro longa-metragem, O rei da noite. Em 1978, adaptou para o cinema Lúcio Flávio, o passageiro da agonia, romance-reportagem de José Louzeiro, com temas candentes para a época – como os grupos de extermínio e a corrupção policial.
Obteve sucesso com Pixote, a lei do mais fraco (1981), outra adaptação da obra de Louzeiro, e O beijo da mulher aranha (1984), baseado no romance homônimo de Manuel Puig, com o qual o ator William Hurt ganhou o Oscar. Fez ainda grandes produções internacionais como Ironweed (1987), baseado no livro de William Kennedy sobre vagabundos durante a Depressão dos Estados Unidos nos anos 1930, e Brincando nos campos do senhor (1990), adaptado do romance de Peter Matthiensen, sobre missionários radicados na Amazônia. Ambos deram prejuízo aos produtores.
Em 1995, foi submetido a um transplante de medula devido a um câncer linfático. O filme seguinte, o autobiográfico Coração iluminado (1998), com roteiro de Ricardo Piglia, foi outro fracasso de bilheteria. O sucesso voltou com Carandiru (2003) – quase 5 milhões de espectadores –, baseado no livro do médico Drauzio Varella sobre o maior presídio da América Latina. Em seguida, dirigiu O Passado (2007), a última participação no cinema do ator brasileiro Paulo Autran (1922 - 2007). Em março de 2016, lançou Meu Amigo Hindu, que seria seu derradeiro trabalho.