El PAN nació en 1939 como una coalición de fuerzas conservadoras de oposición a las transformaciones del gobierno de Lázaro Cárdenas, entre ellas la acelerada partición de tierras, la expropiación petrolífera y las reformas constitucionales en materia de educación y religión. Expresaba también el reclamo de las clases medias, cuya participación política había sido subestimada por el régimen. Desde su fundación, el partido pudo conjugar en su seno a diversos grupos de católicos, intelectuales, profesionales, empresarios y banqueros.
El proyecto partidario fue encabezado por el liberal Manuel Gómez Morin, brillante jurista que desde joven ocupó puestos gubernamentales y que había concebido la idea de formar un partido de oposición permanente.
Los ejes de su política fueron la búsqueda del bien común –doctrina ampliamente identificada con el catolicismo– y la no intervención estatal en la economía, entre otros. A diferencia de Cárdenas, que apoyó a los republicanos de la Guerra Civil española, Morin destacó la necesidad de establecer relaciones con la España franquista, en nombre de la hispanofilia. También repudiaba el norteamericanismo, lo que lo llevó a pugnar por la neutralidad de México ante la Segunda Guerra Mundial. Así mismo, inició campañas contra el comunismo y contra la educación socialista proclamada durante el período cardenista.
En 1946, el año en que obtuvo su registro como partido político, el PAN conquistó sus primeros triunfos en el norte del país, con la elección de cuatro diputados. En 1947 ganó la presidencia municipal de Tacámbaro (Michoacán), seguida de una en León (Guanajuato) y otra en Oaxaca. Dos años después presentó 69 candidatos a diputados, aunque sólo obtuvo cuatro triunfos. Durante las siguientes dos décadas se repitieron las demandas de reforma a los artículos 27 (reforma agraria) y 3.º (educación laica) constitucionales.
Un partido conservador y moderno
A partir de 1949 aumentó la influencia católica dentro del partido. Ello se reflejó en la militancia religiosa de sus dirigentes, las estrechas relaciones que mantuvo con la Unión Nacional Sinarquista y la radicalización del lenguaje anticomunista en función del fuerte impulso que la corriente democratacristiana recibió dentro de Acción Nacional.
En 1961, el PAN fue el único partido de oposición que presentó candidatos presidenciales y a diputados en todas las elecciones, alcanzando un 7,6% de los votos.
En 1962 comenzó un proceso de modernización y reorganización, bajo la dirección de Adolfo Ibarra Christlieb Ibarrola. Él estaba fuertemente vinculado a los empresarios del norte, región que se convertiría en el bastión del PAN en los años siguientes. Durante este período el partido aumentó su influencia electoral dejando atrás la imagen confesional, y rompiendo todos los lazos con los sinarquistas que lo habían caracterizado los últimos veinte años, presentándose como un partido conservador y moderno al mismo tiempo.
En la elección presidencial de 1964, enfatizó la necesidad de las reformas sociales en el país, así como de su democratización, y a pesar de no criticar abiertamente el artículo 3.º y de eliminar toda referencia religiosa, siguió condenando el intervencionismo estatal. En 1967 amplió su porcentaje de votos al 12,4% y ocupó 19 escaños en la Cámara de Diputados.
En las elecciones de 1982, el partido alcanzó el 20% de la votación general y 54 escaños de diputados. Además de triunfos en los principales municipios de Chihuahua, Durango y Sonora.
En esa época el PAN se caracterizó por un tono de confrontación con las autoridades gubernamentales mediante protestas colectivas, caravanas, bloqueo de carreteras, ocupación de oficinas públicas, etc., es decir, por el uso de prácticas que, en momentos anteriores, eran ajenas a la tradición de Acción Nacional. Obtuvo su primera gobernatura en 1985, en el Estado de Chihuahua.
La sartén por el mango
En 1988, el empresario Manuel J. Clouthier, partidario del neoliberalismo, fue postulado como candidato a la presidencia. Sin embargo, el partido no consiguió muchas adhesiones en el empresariado, situación que se agravó con sus métodos de lucha que incluían grandes marchas, caravanas y mítines que Clouthier encabezó durante su campaña electoral. Incluso intentó organizar una campaña de resistencia civil y coordinarse con Cuahutémoc Cárdenas Solórzano y Rosario Ibarra, destacada luchadora social por el esclarecimiento de las desapariciones políticas de la guerra sucia y el castigo a los responsables, después de conocerse los resultados comiciales de muy dudosa validez, mientras su partido continuaba con el proceso institucional.
Para el PAN, las elecciones de 1988 y el surgimiento de un movimiento de izquierda significaron la oportunidad de tener una relación directa con el poder al convertirse en el árbitro en los conflictos entre el Partido Revolucionario Institucional (PRI) y el Frente Democrático Nacional encabezado por Cárdenas. El partido conservador obtuvo amplia representación en la Cámara de Diputados, condicionando así la legitimidad del régimen.
A partir de entonces, además de gobernar varios estados y numerosos municipios, el PAN posee un poder de coalición en el Congreso. En 2000 presentó la candidatura de Vicente Fox Quesada, empresario guanajuatense, que resultó elegido presidente de México. El partido conquistó la presidencia en el 2006 con Felipe Calderón Hinojosa. En 2012 terminó la carrera presidencial en tercer lugar con Josefina Vázquez Mota y eligió a 120 diputados y 40 senadores.