Institución continental no gubernamental, sin fines de lucro, creada en 1967 por cientistas sociales de 35 instituciones. En el año 2006 agrupaba centros de investigación y programas de posgraduación de 21 países de América Latina y del Caribe, con más de 160 miembros afiliados. Su fundación representó un momento importante para las ciencias sociales de la región, que alcanzaron un alto nivel de elaboración con la formulación de la problemática del desarrollo de la dependencia. Su primer secretario ejecutivo fue Aldo Ferrer (1967-1970).
Durante las dictaduras militares que se extendieron por el continente en los años 60 y 70, Clacso cumplió un papel fundamental de preservación de la autonomía y de la capacidad de investigación científica regional, abrigando a intelectuales exilados y proporcionando su recolocación institucional. Durante la redemocratización en los años 80, el Consejo perdió mucho de su carácter crítico, asumiendo una perspectiva liberal. Ese papel crítico fue retomado, sin embargo, con la crisis del neoliberalismo y el ascenso de las izquierdas en la región desde mediados de los años 90.
Con sede en Buenos Aires, tiene como objetivo la promoción y el desarrollo de la investigación y de la enseñanza en los más diversos campos de las ciencias sociales latinoamericanas, así como el fortalecimiento del intercambio y la cooperación entre instituciones e investigadores de la región y de otros lugares. Por medio de esas actividades, Clacso busca contribuir para repensar, desde una perspectiva crítica y plural, la problemática integral de las sociedades del continente.
El Consejo desarrolla, entre otras actividades, las de organización y coordinación de grupos de trabajo temáticos, la cooperación entre regiones del Sur del mundo, concursos de becas para investigadores de distintos niveles, la publicación de libros producidos por investigadores del continente, la divulgación de la producción de los centros afiliados mediante una biblioteca virtual y bases de datos en internet, la capacitación a distancia para investigadores sociales por medio de un campus virtual, además de la organización y participación en eventos internacionales.
Clacso contaba, en 2006, con 23 grupos de trabajo que se reunían cada 18 meses y mantenían el debate por medio de las listas de discusión virtual. Sus actividades son la base de un extenso programa de publicaciones. Por medio del Observatorio Social de América Latina (OSAL), iniciado en febrero de 2000, Clacso promovió la reflexión sobre las distintas formas que asume el antagonismo social en la región, buscando contribuir para la revitalización del pensamiento social latinoamericano y proporcionando un espacio de intercambio para los movimientos sociales. Parte de sus actividades académicas se expresa en la Revista de la OSAL, de análisis permanente sobre el conflicto social en la región. Por medio del Programa Sur-Sur, iniciado en 1990, la institución buscó el intercambio con centros de investigación africanos y consolidó una primera fase de esa integración, que estuvo orientada, a partir de 2005, también hacia Asia.
Por medio del Comparative Research Programme on Poverty (CROP), programa iniciado en 1992 y con sede en Bergen (Noruega), la institución busca promover la formación y la reflexión de expertos en pobreza y facilitar el intercambio internacional de los investigadores de la región, principalmente, con África.
Entre los principales interlocutores de Clacso, se encuentra la Agencia Sueca de Desarrollo Internacional (ASDI), que desde 1998 ha desempeñado un papel importante financiando diversas actividades de investigación, cooperación internacional, editoriales y de formación a distancia.
La estructura de Clacso se basa en un Comité Directivo, electo por la asamblea de centros-miembros. Cuenta con un secretario ejecutivo, también electo por la asamblea y por los centros afiliados, cuyo mandato, actualmente, es de tres años, renovables por dos vezes. El secretario ejecutivo de Clacso de 1998 hasta 2006 fue el cientista político argentino Atílio Boron, precedido por la puertoriqueña Márcia Rivera, quien ejerció el cargo entre 1992-1997. Emir Sader fue el secretario ejecutivo entre 2006 y 2012, periodo en el que la institución pasó a tener, por primeira vez, local proprio, en Buenos Aires, Argentina.