Creada en 1969 como empresa de capital mixto, Embraer, de São José dos Campos, interior de São Paulo, fue privatizada en 1994. Las empresas Bozano Simonsen, Previ y Sistel son actualmente dueñas del 60% de su paquete accionario y son sus principales controladoras. En 1999, Embraer formalizó una alianza estratégica con las empresas aeroespaciales europeas, que hoy en día controlan cerca del 20% de su capital societario. Ellas son: Snecma, EADS, Dassault Aviation y Thales. Los primeros aviones vendidos al exterior, con una amplia presencia en el mercado norteamericano, fueron los turbohélices Bandeirante y Xingu.
En los sectores de la aviación comercial y ejecutiva de pequeño y mediano porte y en aviación militar, Embraer era responsable en 2005 del 45% del mercado mundial de jets de transporte regional. La empresa pasó a desempeñar entonces un rol estratégico para la aviación militar brasileña, cuya flota ese mismo año estaba compuesta en un 50% por sus modelos. Asociada con el Instituto Tecnológico de Aeronáutica (ITA) y la Universidad Estadual de Campinas (Unicamp), Embraer se transformó en un ejemplo de alta competitividad.
El buen desempeño de la empresa brasileña llevó al gobierno de Canadá a favorecer con subsidios a Bombardier, su principal competidora, una práctica condenada por la Organización Mundial del Comercio (OMC). Ésta, luego de largas batallas jurídicas, condenó al gobierno canadiense a pagar multas, prohibió los subsidios y otorgó a Brasil el derecho a represalias.