Movimiento político indígena de Ecuador constituido en 1986 en el marco de la adopción de políticas de privatización en América Latina, proceso al cual se opuso desde un principio. Asimismo se posicionó contra los tratados de libre comercio, en particular contra el Área de Libre Comercio de las Américas (ALCA) y el Plan Colombia. Se opuso también a la sumisión a las políticas del Banco Mundial y a la militarización de la región.
Entre las principales nacionalidades que componen el movimiento se encuentran: shuar, achuar, siona, secoya, cofáne, huao, zápara, chachi, tsáchila, awa, épera, manta-huancavilca y quechua. La Conaie plantea como reivindicaciones centrales la posesión del suelo y de los recursos naturales, la preservación del medio ambiente y el derecho a mantener la diversidad cultural de las naciones indígenas ecuatorianas, manifestándose principalmente con marchas y bloqueos de caminos.
En 1992 y 1994 se produjeron las primeras grandes manifestaciones, pero la mayor fue en el año 2000, cuando la Conaie se integró activamente al movimiento que culminó con la renuncia de Jamil Mahuad y con la formación de una junta para gobernar el país. El presidente de entonces, Antonio Vargas, participó de esa junta, integrada también por Carlos Solórzano, juez jubilado de la Suprema Corte, y por el coronel Lucio Gutiérrez. Sin embargo, fue por poco tiempo, hasta que el vicepresidente Gustavo Noboa asumiera la presidencia, con el respaldo de los organismos internacionales. En las elecciones de 2000, la Conaie se asoció al movimiento indígena Pachakutik para dar apoyo a Gutiérrez, quien resultó electo. Esa alianza tuvo una vida corta, pues Gutiérrez rompió los acuerdos y pasó a reprimir fuertemente a los movimientos indígenas.
En 2004, durante la II Conferencia de la Conaie, Luis Macas fue elegido presidente y contribuyó en gran medida a dar proyección a la organización. En 2005 denunció los planes de expansión de la extracción de petróleo por parte de Petrobras y dio apoyo a la victoria electoral de Evo Morales a la presidencia de Bolivia, con la esperanza de fortalecer el movimiento indígena en la región.