Creado en 1970 por el Congreso de México, el Conacyt es responsable de la elaboración de las políticas nacionales de ciencia y tecnología del país. Tiene como misión consolidar el sistema de ciencia y tecnología e impulsar su desarrollo, mediante la formación de recursos humanos de alto nivel, la promoción de proyectos de investigación, la difusión de la información científica y tecnológica, y el estímulo a la innovación tecnológica y la competitividad empresarial.
A pesar de proponerse objetivos ambiciosos –como incluir a México entre las veinte potencias mundiales en I+D (investigación y desarrollo), con gastos del 2% del Producto Bruto Interno (PBI)–, el Conacyt se encontró con importantes limitaciones presupuestarias. Entre 1995 y 2005, el país invirtió aproximadamente el 0,4% de su PBI y, en 2006, no cumplió con la meta de invertir el 1% del PBI. La política neoliberal de reducción drástica del tamaño del Estado mexicano, que limitó su recaudación al 12% del PBI, contribuyó para lograr ese resultado decepcionante. Percibiendo aproximadamente el 2% de la recaudación estatal, los gastos en I+D son financiados en más del 60% por el Estado.
Los gastos del Conacyt representaron, en 2002, el 10% del total desembolsado en I+D. Desde los años 90, los gastos en I+D de ese organismo han variado entre el 50% en los años de mayor retracción, como 1996, y el 62% en los de mayor asignación de recursos, como 1994. El presupuesto del Conacyt creció entre 1990 y 1994, cuando alcanzó los 4.000 millones de pesos, pero recibió un impacto negativo por la crisis de 1995, que redujo la recaudación estatal. El presupuesto se mantuvo estancado hasta 2001, año en que superó los niveles de 1994, y luego alcanzó los 5.000 millones de pesos en 2003.
Los gastos del Conacyt revelan su amplia desconexión con el sector productivo, que prácticamente financia sus bajísimas inversiones en I+D. Se observa una mejora en ciertos indicadores de la ciencia mexicana, como el número relativo de citas y de artículos científicos publicados en el mundo; sin embargo, estos indicadores tuvieron poco impacto para superar la dependencia tecnológica que se profundiza en México, como demuestran el crecimiento del déficit en la balanza tecnológica y la caída abrupta de la relación entre las patentes nacionales y extranjeras concedidas en el país. Cabe destacar también, en la política del Conacyt, el bajo grado de financiamiento relativo a las ciencias sociales y las humanidades: datos de 2003 indican que, aunque lograron el 73% de todos los egresos de posgrado, recibieron sólo el 26% de las asignaciones, mientras que las ciencias exactas y naturales recibieron más del 40% de las asignaciones del organismo.