A criação do CNPq, em 1951, expressou a institucionalização da pesquisa científica nos grandes centros no pós-guerra e a preocupação desenvolvimentista do Estado brasileiro. A Lei n o 1.310 de 15/01/1951, que o institucionalizou, definiu seu objetivo como o de promover o desenvolvimento da investigação científica e tecnológica em todos os domínios do conhecimento, conferindo papel estratégico ao controle da energia nuclear para a afirmação e o desenvolvimento da soberania nacional. Esta lei proibiu a exportação de bório e urânio e colocou sob a gestão do Estado, por intermédio do CNPq e, quando necessário, das Forças Armadas, as atividades referentes ao aproveitamento da energia atômica, sem prejuízo da liberdade científica. Para exercer essas funções, o CNPq apoiou-se em órgãos especializados como a Comissão de Energia Atômica (CEA) ou o Instituto de Energia Atômica (IEA) e administrou o Instituto Brasileiro de Bibliografia e Documentação (IBBD, 1954) – transformado no Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia (IBICT) em 1975 –, o Instituto de Matemática Pura e Aplicada (IMPA, 1952), o Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia (INPA, 1954), o Instituto de Pesquisas Rodoviárias (IPR, 1957) – desvinculado em 1972 – e o Grupo de Organização da Comissão Nacional de Atividades Espaciais (1961), que formou o Instituto de Pesquisas Espaciais (INPE, 1971). Incorporou ainda a sua gestão, em 1976, o Centro Brasileiro de Pesquisas Físicas (CBPF) e o Observatório Nacional (ON).
Esvaziamento
Apesar de seus objetivos abrangentes, o CNPq atuou muito mais no campo da formação de recursos humanos do que no da investigação tecnológica. Contribuiu decisivamente para isso a dependência tecnológica do Brasil. Seus recursos concentraram-se, de início, na pesquisa biológica, física, química e agrônoma, mas esvaziaram-se, passando a representar de 0,28% a 0,11% do orçamento estatal entre 1956 e 1961. No governo de João Goulart suas dotações orçamentárias aumentaram, mas o golpe militar abortou essa experiência e redefiniu a atuação do CNPq. Incorporou a ele dois novos campos para o fomento à pesquisa (ciências sociais e veterinária), desvinculou-o do campo da energia atômica, concentrou sua atuação na formulação de políticas científicas e tecnológicas e restringiu sua autonomia financeira, enfatizando a necessidade de coordenar-se com outros órgãos do governo.
De autarquia vinculada diretamente à presidência da República, o CNPq tornou-se, em 1974, uma fundação subordinada à Secretaria de Planejamento do Presidente da República e intitulada Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Devia auxiliar o ministro de Estado da Secretaria de Planejamento na coordenação e elaboração dos Planos Básicos de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (PBDCT) e promover o fomento à pesquisa por meio de bolsas e auxílios. Seu principal braço financeiro foi o Fundo Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (FNDTC, 1969), cuja secretaria-executiva, a Financiadora de Estudos e Projetos (FINEP, 1967), era independente, mas subordinada à mesma Secretaria. Em 1985, com a criação do Ministério da Ciência e Tecnologia (MCT), incorporou-se a ele.
Impacto das políticas neoliberais
Entre 1966 e 1976, o CNPq manteve os investimentos nas ciências sociais em patamares limitados, na média de 4,7%, nível ligeiramente inferior à participação relativa de veterinária nos gastos totais do Conselho. Após imprimir, nos anos 1970 e 1980, uma substancial expansão dos dispêndios em pesquisa e formação dos recursos humanos, o CNPq, a partir da introdução das políticas neoliberais no governo de Fernando Collor de Mello e, depois, no de Fernando Henrique Cardoso, registrou um forte decréscimo em seus gastos, expressando o ajuste do desenvolvimento científico nos países periféricos à nova versão da teoria das vantagens comparativas, que pretende concentrar a ciência básica nos países centrais. A soma dos dispêndios em auxílios, bolsas nacionais e no exterior do CNPq, em valores de 2001, apresentou a seguinte evolução: 1980, R$ 132,5 milhões; 1994, R$ 846 milhões e 2001, R$545 milhões. O maior corte se deu nos recursos destinados a bolsas de pesquisa, que caíram de R$ 806 milhões para R$ 432 milhões entre 1994 e 2001. Destaca-se a queda no número de bolsas no exterior que retraíram de 2.418 para 576, revelando as dificuldades do CNPq para cumprir as tarefas básicas de integração científica que a globalização exige.