Um dos fundadores da Associação Nacional de Educadores Salvadorenhos (Andes) em 1965, participou em 1970 da criação das Forças Populares de Libertação (FPL), a primeira organização armada de esquerda de El Salvador. Foi também o principal dirigente da Frente Farabundo Martí para a Libertação Nacional (FMLN), transformado em partido político depois dos Acordos de Paz de 1992. Foi deputado do parlamento de El Salvador, eleito vice-presidente na chapa de Maurício Funes em 2009, cargo que ocupou por cinco anos, somado à função de ministro da Educação.
Cerén é o quarto ex-guerrilheiro latino-americano a chegar ao governo em eleições livres. Os outros são Daniel Ortega, na Nicarágua, José Mujica, no Uruguai, e Dilma Rousseff, no Brasil. Casado com Margarita Villalta desde 1968, é um homem simples, de hábitos modestos. Abriu mão, por exemplo, de morar na residência presidencial e realiza seu programa de televisão, Governando com as pessoas, sempre em bairros populares.
Seu objetivo como presidente é dar continuidade e aprofundar os programas sociais iniciados por seu antecessor, Maurício Funes. Criou a secretaria de Participação Social e Transparência, para o fortalecimento da integridade das instituições públicas. E vem apostando no sistema de integração centro-americana como uma das vias para implantar seus projetos. Ele negociou o ingresso de El Salvador à Petrocaribe, aliança regional que permite comprar derivados de petróleo a preços subsidiados, e acertou com o governo da Guatemala a implantação do plano PAP - Aliança para a Prosperidade do Triangulo Norte.
Os dados do Relatório de Desenvolvimento Humano (PNUD) de 2014 mostram vários indicadores de melhora na condição de vida da população salvadorenha. Na região, o país é um dos que mais avançou em desenvolvimento humano nos últimos anos.
Cerén publicou os livros Com os sonhos se escreve a vida: autobiografia de um revolucionário salvadorenho (2009), FMLN no governo (2011), A guerra que não queríamos, 1980-1992 (2012) e O país que quero: 2014, eleições presidenciais em El Salvador, todos publicados pela editora Ocean Sur.