A Frente Farabundo Martí de Libertação Nacional (FMLN), fundada em outubro de 1980, adotou o nome do líder revolucionário do início do século XX, fuzilado após a insurreição de janeiro de 1932. As origens da FMLN se situam nas organizações político-militares de El Salvador, do começo da década de 1970: Forças Populares de Libertação (FPL), de 1970; Exército Revolucionário do Povo (ERP), de 1972; Resistência Nacional (RN), uma dissidência do ERP, formada em 1975; e Partido Revolucionário dos Trabalhadores Centro-americanos (PRTC), de 1976. A essas organizações se somou o Partido Comunista Salvadorenho (PCS), criado no início da década de 1930.
A FMLN jamais foi uma organização unificada: havia um Comando Geral, responsável por coordenar as operações, do qual participavam as cinco organizações que a integravam. Mas cada uma delas manteve sua própria estrutura e vida partidária durante todo o conflito armado.
Ao longo da década de 1970 havia se formado também um amplo movimento de massas, mobilizando operários, camponeses, estudantes, professores e outros profissionais. Os agrupamentos setoriais integravam coalizões impulsionadas por organizações político-militares: Bloco Popular Revolucionário (BPR), Frente de Ação Popular Unificada (FAPU), Ligas 28 de fevereiro (LP-28) e Movimento de Libertação Popular (MLP). A União Democrática Nacionalista (UDN), que já existia, se juntou a esses grupos. No processo revolucionário, acabaram por se combinar as formas de ação dessas organizações de massa e das organizações político-militares.
Logo após o assassinato do monsenhor Oscar Arnulfo Romero, em abril de 1980, diversas organizações políticas e sociais de oposição não armada fundaram a Frente Democrática Revolucionária (FDR). No final de 1980, essa organização fez uma aliança com a FMLN, em torno de uma plataforma programática para um governo democrático revolucionário.
Em janeiro de 1981, a FMLN lançou uma ofensiva geral, com ataques às posições militares e convocação para uma greve geral. O pretendido objetivo de derrubar o governo não foi alcançado, e logo a guerra começou a se generalizar. O enfrentamento entre a guerrilha e o exército aprofundou-se e se estendeu por quase todo o país.
A FMLN se dispunha a aceitar uma solução negociada; as tentativas de diálogo direto e incondicional, sem resultados, evoluíram para um processo ininterrupto, sob a mediação das Nações Unidas, em 1990. Depois de longa negociação, os Acordos de Paz foram firmados em 16 de janeiro de 1992.
Após o cessar-fogo e a desmobilização de seus combatentes, a FMLN passou para uma nova etapa. Em 9 de novembro de 1992, tornou-se pessoa jurídica e se credenciou como partido político no Tribunal Supremo Eleitoral, condição que entrou em vigor a partir de 4 de janeiro de 1993. Definiu-se então como partido político de caráter permanentemente democrático, pluralista e revolucionário. Em 1994, participou das primeiras eleições gerais do pós-guerra. Desde essa data, esteve presente em sete pleitos eleitorais e se manteve como principal partido de oposição. No entanto, logo após a estreia, adveio uma crise interna. Dois dos grupos fundadores, o ERP e a RN, deixaram a FMLN. Outras crises posteriores já não teriam mais identidade com as organizações históricas fundadoras. Os campos de disputa passaram a se relacionar com as formas internas de definição das posições políticas e de projeção externa da disputa com a Arena, sobretudo visando à alternância na presidência da República.
A FMLN concorreu as eleições presidenciais em 1994, 1999 e 2004, sem vencê-las. Mas seu desempenho nas eleições legislativas e municipais foi sempre positivo. Sua presença crescente na Assembleia Legislativa (21 deputados em 1994, 27 em 1997 e 31 em 2000 e 2003) fez com que se convertesse na primeira força legislativa. Seu avanço também ficou evidente nos governos locais: 15 conselhos municipais em 1994, 54 em 1997, 79 em 2000, embora tenha baixado para 74 em 2003. Nesse ano, sozinha ou em coalizão com outros partidos, triunfou em 7 das 14 chapas departamentais e em 11 dos 14 municípios da área metropolitana de San Salvador, incluindo a capital. Esse crescimento foi coroado em 2009, quando seu candidato, Mauricio Funes, conquistou a presidência. Em 2014, Funes passou a faixa presidencial ao colega de partido, Salvador Sánches Céren.