A CAPES surgiu durante o segundo governo de Getúlio Vargas, em uma conjuntura de afirmação do desenvolvimento nacional inaugurada nos anos 1930, para impulsionar a pesquisa científica e sua integração com o ensino. Os institutos de pesquisa criados na virada para o século XX – Museu Paraense Emílio Goeldi (1871), Instituto Agrônômico de Campinas (1887), Instituto Bacteriológico de São Paulo (1893), Museu Paulista (1893), Instituto Butantã (1899) e Manguinhos/Oswaldo Cruz (1900) – eram desvinculados do ensino, e só mais tarde seriam estabelecidas universidades para integrar ensino e pesquisa. Em 1934, surgiu a Universidade de São Paulo (USP); em 1935, a Universidade do Distrito Federal; e, em 1948, foi criada a Sociedade Brasileira para o Progresso da Ciência (SBPC). Em 1951, esse movimento ganhou novo impulso com o estabelecimento da CAPES, pelo decreto n o 29.741, e do CNPq.
Inicialmente, a CAPES era uma comissão de promoção da Campanha de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, tendo como principal objetivo capacitar pessoal de nível superior, em particular o corpo docente das universidades, para atender às necessidades de desenvolvimento do Brasil. Assumiu as tarefas de promover o estudo das necessidades do país; impulsionar a instalação e a expansão de centros de aperfeiçoamento e estudos pós-graduados; mobilizar recursos para proporcionar treinamento capaz de corrigir deficiências identificadas; e aproveitar as oportunidades de aperfeiçoamento oferecidas por programas de assistência técnica da ONU e de convênios bilaterais.
De 1951 a 1964, a CAPES foi dirigida por Anísio Teixeira, seu secretário-geral e grande idealizador. Estava ligada diretamente ao Ministério da Educação e à presidência da República, tendo grande autonomia na gestão de seus recursos. Apesar do orçamento modesto – dez vezes inferior ao do CNPq –, tornou-se a primeira agência a apoiar as ciências sociais. Auxiliou a implementação de cursos de especialização e de pós-graduação, forneceu bolsas de estudo no país e no exterior, para onde se dirigiam, entre 1953 e 1959, cerca de 120 brasileiros por ano (20 deles com bolsa integral). Para suplementar seus esforços, desenvolveu estreito contato com as embaixadas da França, dos Estados Unidos, do Canadá e da Alemanha, que também dispunham de programas de bolsas de estudo.
A CAPES teve um papel de destaque na estruturação do projeto de organização da Universidade de Brasília (UnB) e, no início dos anos 1960, apoiou a implementação dos cursos de pós-graduação strictu senso que se desenvolveram na UnB, nas Federais do Rio de Janeiro, do Rio Grande do Sul e de Viçosa, no Instituto Tecnológico da Aeronáutica (ITA) e na Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz. O golpe de 1964 afastou sua direção e ameaçou extingui-la, optando finalmente por redefini-la, transformando-a em “coordenação”, desvinculando-a da presidência da República e subordinando-a diretamente ao Ministério da Educação e Cultura (MEC). O órgão perdeu a autonomia administrativa, passando seu diretor-executivo a implementar decisões do Conselho Deliberativo, indicado diretamente pelo ministro, em que o diretor-executivo não tinha assento.
Revalorização
A retomada do desenvolvimento econômico e as pretensões de autonomia na dependência que permeavam os militares implicaram a revalorização da CAPES. Os decretos n o 66.662 e 66.927, de 1970, enfatizaram as funções do diretor-executivo, garantindo-lhe a presença no Conselho Deliberativo, cujos membros passaram a ser indicados pela comunidade acadêmica. E também foi instituído o FAPES – fundo destinado a viabilizar a autonomia financeira da agência. O decreto-lei n o 74.229, de julho de 1974, restabeleceu sua autonomia administrativa e financeira e substituiu o Conselho Deliberativo pelo Conselho Técnico-Deliberativo (CTA), que passou a ser presidido por um diretor-geral. A pós-graduação adquiriu importância estratégica para o Ensino Superior. Em articulação aos Planos Nacionais de Desenvolvimento e aos Planos Básicos de Ciência e Tecnologia foram criados os Planos Nacionais de Pós-Graduação – elaborados por diversas instituições, entre as quais a CAPES –, que adquiriram projeção crescente. Em 1981, com a extinção do Conselho Nacional de Pós-Graduação, a agência passou a ser o órgão formalmente responsável por sua elaboração, do qual resultaram o II e o III Plano Nacional de Pós-Graduação.
No mesmo ano, a CAPES ganhou a condição de agência executiva do Sistema Nacional de Ciência e Tecnologia, encarregada de elaborar, coordenar e acompanhar todas as atividades relacionadas com a pós-graduação no MEC. A expansão dos cursos de pós-graduação e a necessidade de avaliar sua qualidade levaram à formalização da participação da comunidade acadêmica na análise de solicitações de bolsas de estudo, avaliação de cursos e de elaboração e implantação de projetos, criando-se para isso comissões específicas.
Limitações
Com a chegada de Fernando Collor de Mello ao poder, a CAPES foi extinta em 1990. A vitoriosa luta por sua restauração implicou sua transformação em fundação, em janeiro de 1992, sob a Lei n o 8.405. A luta pela recomposição de verbas conseguiu certo êxito no governo de Itamar Franco, mas a ofensiva neoliberal que teve sequência no governo de Fernando Henrique Cardoso impôs uma significativa redução de suas verbas, que caíram de R$ 725 milhões para R$ 460 milhões (em valores atualizados de 2002) entre 1996 e 2002. Em consequência, limitou-se sua capacidade de fazer frente a novos desafios, como a recuperação da universidade pública, afetada pelas restrições orçamentárias; a expansão do ensino a distância; a proliferação do ensino privado e o controle de sua qualidade; e a integração do país no processo mundial de geração de conhecimentos.