Filho de um escultor e entalhador, Zuñiga ingressou na Escola de Belas Artes de sua cidade natal em 1927. Teve contato com a arte pré-colombiana nas frequentes visitas que fez ao Museu Nacional Costariquenho. De 1928 a 1934, trabalhou como ajudante no ateliê familiar de escultura religiosa. Em 1935, recebeu o primeiro prêmio do Salão de Escultura da Costa Rica com a obra em pedra La maternidad. Em 1937, transferiu-se para o México, onde ganhou cidadania.
Entre 1938 e 1942, estudou escultura e trabalhou na confecção de monumentos públicos, além de integrar a equipe que realizou o monumento à Revolução Mexicana de Oliverio Martínez. Em 1948, pintou uma de suas raras telas, Paisaje con niño en rojo. Em 1950, uniu-se ao Grupo de Integración de Artes Plásticas, cujos trabalhos buscavam integrar escultura e arquitetura. Em 1954, abandonou definitivamente a pintura. Chefiou o ateliê de escultura monumental do Centro Superior de Artes Aplicadas y Artesanías, em 1957, no mesmo ano em que recebeu o Primeiro Prêmio de Escultura no México.
Em 1972, começou a trabalhar com litografia, técnica em que também foi um mestre, conjugando sensibilidade e sensualidade na figura humana. Desse período destacam-se: La juchiteca (1972), Madre e hija (1974) e Niñas con panes (1980). Em suas esculturas, desenhos, litografias e xilogravuras, as imagens de indígenas mexicanos, quase exclusivamente mulheres, são recorrentes. Em 1984, foi premiado na III Bienal de Escultura do Japão. Com problemas de visão, conquistou o Prêmio Nacional das Artes do México (1992). Nos anos 90, seu trabalho foi apresentado na galeria Brewster Arts Limited (1996 e 1999), na Sindin Galleries de Nova York (1997) e na feira ARTMIAMI98 (1998).