A Universidade Nacional Autônoma do México (UNAM) foi fundada em 1910 com base na lei que constituiu a Escola Nacional de Altos Estudos, apresentada por Justo Sierra. Essa escola, juntamente com as outras nacionais – Preparatória, de Jurisprudência, de Medicina, de Engenharia e de Belas-Artes – formaram, em setembro daquele ano, a primeira instituição universitária do país.
A abertura da UNAM ocorreu em meio a um conflito entre positivistas ortodoxos, contrários à instituição, e seus adversários, como, por exemplo, o humanista Antonio Caso. Para os primeiros, representados por Agustín Aragon e Horacio Barreda, a instituição simbolizaria a etapa metafísica do desenvolvimento humano, contrária ao progresso. Os conflitos marcaram a universidade desde a fundação, sobretudo pelo fato de ela representar o projeto educacional nacional do governo. Dessa forma, houve momentos de reforço e de negação ao projeto universitário adotado em concordância ao tipo de organização política predominante. Tal fato refletiu-se nas mudanças de gabinete de reitor e em greves de estudantes e de funcionários.
Em 1915 essa jovem de menos de um século adquiriu a autonomia universitária, que somente foi concluída em 1920, com a separação da universidade da Secretaria de Educação, passando a ser diretamente vinculada à presidência da República. Em meados da década de 1910, o ensino deixou de ser gratuito, e foram adotadas taxas de matrícula e outras, o que geraria, nos anos 1930, a concessão de bolsas de estudo aos alunos em situação econômica desfavorável.
O lema da universidade é significativo da vocação humanística, segundo a qual foi concebida: Por mi raza hablará el espíritu. José Vasconcelos, o autor da frase, tinha plena convicção de que os mexicanos poderiam elaborar uma cultura de tendências novas, de essência espiritual e livre. Ele assumiu a reitoria em 1920, época em que as esperanças da revolução ainda estavam vivas na pátria.
A UNAM é regida por uma lei orgânica que estabelece sua estrutura acadêmica e administrativa e o papel do Estado em sua organização. O Conselho Universitário e a Junta de Governo são os órgãos máximos da instituição. Em seguida vêm o reitor e o Patronato Universitário, que comandam as administrações: Diretores Acadêmicos, Administração Central e as Coordenações de Humanidades, Investigação Científica, Difusão Cultural e Vinculação.
A instituição é composta de cursos de licenciatura (73 no total), bachillerato (ensino médio superior), técnico profissional em música e enfermaria, propedêutico da Escola Nacional de Música e pós-graduação (38 programas), totalizando cerca de 324 mil alunos (dados de 2012). Os dois primeiros cursos concentram a maioria dos estudantes, o que faz dela a maior universidade da América Latina. Conta com cerca de 36 mil profissionais acadêmicos – categoria bastante diversificada dos docentes – e 25 mil funcionários.
O bachillerato constitui uma peculiaridade em organização universitária por ser um curso de três anos de cultura básica e propedêutica e de caráter preparatório para as carreiras de licenciatura da instituição, ocupando posição intermediária entre a licenciatura e o ensino básico. É ministrado na Escola Nacional Preparatória (existente desde 1867 e que compõe a fundação da instituição, hoje com nove estabelecimentos) e no Colégio de Ciências e Humanidades (criado em 1971, com cinco estabelecimentos).
Em 1995 houve um forte conflito entre os reprovados nos exames de ingresso ao bachillerato e à licenciatura, gerando a organização do Movimento dos Excluídos da Educação Média Superior e Superior – com uma greve de fome de estudantes e pais de estudantes e a invasão da reitoria – e também a organização de estudantes, professores e funcionários contra a invasão. O conflito objetivava o aumento de vagas na instituição, acarretando o ingresso de reprovados ou excluídos nos exames em lugar daqueles que não fizeram suas inscrições, mesmo que aprovados, bem como a organização de comissão para analisar o plano de estudos do Colégio de Ciências e Humanidades.
Houve, também, um forte debate em torno do “gigantismo” da UNAM, com várias propostas para dividi-la em unidades de menor porte – debate que até hoje avança ou recua segundo os ventos políticos do momento.