En 1926, la Argentina y Paraguay firmaron en Washington un acuerdo sobre el aprovechamiento hidroeléctrico de las cascadas de Yacyretá y Apipé, sobre el río Paraná. Sin embargo, no fue sino hasta 1973, y bajo la presión del primer colapso internacional del petróleo, cuando los dos países firmaron el tratado que en 1979 creó la Entidad Binacional Yacyretá, y aprobaron la construcción de la gran central hidroeléctrica.
La construcción se inició en diciembre de 1983 (un año después de la inauguración de Itaipú) y dio origen a un lago artificial de 1.220 km. La primera turbina comenzó a funcionar en septiembre de 1994, y desde julio de 1998 las veinte turbinas inicialmente previstas ya estaban operando, con una capacidad total de 2.700 megawatts (equivalente al 10% de la capacidad total de generación argentina, o el 21% de Itaipú) y a un costo final de US$ 8.000 millones. Esa capacidad podrá ser ampliada a un 50% hasta 2008, lo que aumentaría la extensión del lago a 1.600 km y exigiría otras veinte turbinas más.
Entre 1995 y 1997, intentando salvar la convertibilidad del peso frente al desequilibrio de las cuentas fiscales y externas, el gobierno argentino quiso privatizar su mitad de la binacional, pero la propuesta no fue aceptada por los parlamentos de ambos países y terminó siendo dejada de lado.
En 2015, la dirección de la hidroeléctrica anunció el aumento de la generación de energía a 20.000 GWh por año.