Hijo del también pianista Guillermino Rubalcaba, Gonzalo es uno de los más importantes músicos de jazz de la actualidad, y ha fusionado el género con los ritmos afrocubanos. Es también dueño de una técnica, ritmo y velocidad impresionantes en los teclados. Formado en composición en el Instituto de Bellas Artes de La Habana, surgió en el escenario internacional a los 23 años, tras presentarse en el festival de Montreux, en Suiza. Uno de sus principales mentores fue el trompetista norteamericano Dizzy Gillespie.
Entre sus principales álbumes se destacan: Discovery: live at Montreux (1990), Inner voyage (1999) y Supernova (2001), todos lanzados por Blue Note, notable sello de jazz de los Estados Unidos.