Se creó el 11 de agosto de 1966, en el marco del IV Congreso Latinoamericano de Estudiantes (IV CLAE), realizado en Cuba, país sede de la entidad. Tiene una postura anticapitalista y se ha inspirado en otras iniciativas estudiantiles del siglo XX, como los congresos universitarios americanos de estudiantes y, principalmente, la reforma universitaria de Córdoba, la cual culminó con la huelga de 1918.
Desde su origen, la OCLAE funciona como una instancia movilizadora y coordinadora de las luchas antiimperialistas del movimiento estudiantil del continente. Entre sus banderas y acciones históricas se encuentran: la lucha de los estudiantes a favor de la solidaridad y contra el neoliberalismo, el imperialismo, el colonialismo, el neocolonialismo y la injusticia social; la solidaridad con los sectores contrarios al pago de la deuda externa y la crisis económica; la autonomía universitaria, la libertad y la pluralidad académica; el principio de la educación pública y gratuita; la lucha por la erradicación del analfabetismo y por el bienestar estudiantil; y el estrechamiento de los vínculos del movimiento estudiantil con la clase trabajadora, los campesinos, los indígenas y con los sectores populares y democráticos de la sociedad civil.
En los últimos años, la organización intensificó su lucha contra la mercantilización de la enseñanza y su resistencia a la ofensiva de las grandes instituciones de enseñanza, principalmente estadounidenses, por incluir la educación en las negociaciones sobre servicios de la Organización Mundial del Comercio (OMC) y por regular el sistema de educación a distancia –las franquicias, que tenderían a la estandarización de los contenidos curriculares y a la ampliación de la hegemonía del inglés por sobre los demás idiomas, como forma de difusión de la ideología norteamericana–.
La OCLAE ha buscado la interacción de los estudiantes también a través de los deportes y de encuentros internacionales como el Festival Mundial de la Juventud y del Estudiante, el Forum Hemisférico y el Foro Social Mundial (FSM), alineándose con los movimientos sociales en campañas contra el ALCA, la guerra y el neoliberalismo. Como observadora internacional, y convocada por el Consejo Nacional Electoral de Venezuela, participó del referendo de este país, vencido por Hugo Chávez en el año 2004. En 2005, en Brasil, realizó el mayor CLAE de su historia, con la participación de alrededor de 10.000 jóvenes. Actualmente reúne a 36 organizaciones estudiantiles de 24 países.
En 2015, la OCLAE representaba 36 federaciones estudiantiles de 23 países, sumando más de 100 millones de afiliados. Desde el nuevo milenio, la entidad se ha caracterizado por la lucha por la educación gratuita y de calidad en América Latina y Caribe. La 17º CLAE, realizada en Managua, Nicaragua, en 2014, bajo el tema “Por América Latina: pintando la nueva educación, unidad y transformación”, discutió la coesión de los movimientos estudiantiles y la coyuntura política en la región.