Fundado en 1961 por Carlos Fonseca Amador (1936-1976), el FSLN se inspiró en la lucha antiimperialista del general Augusto César Sandino (1895-1934).
La lucha guerrillera del Frente Sandinista comenzó en las montañas de Las Segovias, en el norte de Nicaragua, donde Sandino tenía su principal base social. Uno de los primeros guerrilleros del FSLN fue el general Santos López, uno de los lugartenientes del general Sandino que aún estaba vivo en los años 60.
El FSLN nació al calor de los movimientos de liberación nacional del continente latinoamericano, inspirado por la Revolución Cubana. A raíz del triunfo revolucionario de 1979, el FSLN tomó el poder en Nicaragua por medio de una insurrección militar y se convirtió en partido político.
Gobernó Nicaragua desde el 19 de julio de 1979 hasta el 25 de febrero de 1990, cuando perdió las elecciones presidenciales y, en consecuencia, también el poder revolucionario. Sin embargo, mantiene una participación significativa en el Estado nicaragüense, controlando alrededor del 40% del Parlamento Nacional y cerca del 70% de los gobiernos municipales y compartiendo el resto de los poderes del Estado con el Partido Liberal Constitucionalista. Asimismo, sigue teniendo una gran influencia sobre las Fuerzas Armadas, el Ejército y la policía, las organizaciones sindicales y las asociaciones de carácter popular, así como también sobre la trama organizativa de la sociedad civil.
Volvió al poder en 2006, cuando eligió a Daniel Ortega en la primera vuelta, dieciséis años después de dejar el poder.
El FSLN integra el Foro de São Paulo, una instancia formada por los principales partidos y movimientos de izquierda del continente latinoamericano. También forma parte de la Internacional Socialista.