Creada en 1973, la Empresa Brasileña de Investigación Agropecuaria (Embrapa) tiene como misión crear, adaptar y transferir conocimientos y tecnologías para el desarrollo del ámbito rural brasileño, en especial en lo relativo al agronegocio. La empresa es una de las mayores instituciones de investigación del mundo tropical, cuenta con más de ocho mil empleados, de los cuales más del 25% son investigadores con doctorados y maestrías. En sus 32 años de actividad se destacó por combinar la apropiación de tecnología extranjera mediante el envío de investigadores al exterior con su aplicación creativa a las condiciones geográficas y climáticas de Brasil. Actuando a través de 37 centros de investigación, 3 servicios y 11 unidades centrales, la empresa coordina el Sistema Nacional de Investigación Agropecuaria (SNPA, Sistema Nacional de Pesquisa Agropecuária), constituido por instituciones públicas federales y estaduales, universidades, empresas privadas y fundaciones que efectúan investigación científica en mutua cooperación. Entre sus principales contribuciones al desarrollo rural brasileño se encuentran: la tropicalización del cultivo de la zanahoria, la soja y el trigo; la incorporación de los cerrados [zonas cuya vegetación se caracteriza por la presencia de árboles bajos, retorcidos, al pie de los cuales se extiende un manto de gramíneas] en el sistema productivo, lo que hizo que estas regiones produjeran el 40% de los granos del país; el apoyo a la formación de polos de cultivo de frutas irrigadas en el Nordeste; la consolidación del sistema de siembra directa, que pasó de 3 millones
de hectáreas a 20 millones entre 1994 y 2004; los avances en el manejo sustentable de la Amazonia y en la plantación forestal; la porcicultura y la ganadería para carne y para leche, que triplicaron la oferta de carne y más que duplicaron la de leche; los avances en la producción de aves, que decuplicaron la producción de pollos; y la producción de hortalizas y de nuevas especies forrajeras.
Embrapa posee convenios con 56 países y 155 instituciones de investigación internacionales, e instaló en los Estados Unidos y en Francia laboratorios para el desarrollo de la investigación en tecnología de punta. Cerca de la mitad del área cultivada brasileña recibe semillas desarrolladas por la empresa, que las transfiere gratuitamente a fundaciones y empresas privadas productoras de semillas, cobrando solamente regalías sobre las ventas, que en promedio van del 3% al 6% del total. Sus principales fuentes de regalías provienen de commodities (soja, algodón, maíz y trigo).
En los últimos tiempos, Embrapa viene recibiendo críticas de los movimientos sociales por su vinculación privilegiada con el agronegocio. La gestión de Clayton Campanhola, iniciada en 2003, buscó priorizar la agricultura familiar y orgánica, pero su alejamiento, en 2005, puso en riesgo la continuidad de dicho enfoque.