En 1958, después del éxito de la Copa de Europa, instituida por la Unión de las Asociaciones Europeas de Fútbol (UEFA, Union of European Football Associations), surgió la idea de crear una competición sudamericana interclubes. Existían, antes de eso, algunos precedentes en el propio continente americano. En 1900 nació la Copa Competición Rioplatense, disputada entre clubes uruguayos y argentinos, que se enfrentaban en partido único, en campo neutro, durante las fases preparatorias, y cuya final se disputaba en Buenos Aires. En 1905 se creó la Copa de Honor Rioplatense (con final en Montevideo), y en 1916, la Copa Río de la Plata (disputada entre los respectivos campeones nacionales de ambas márgenes). Eran igualmente frecuentes las excursiones continentales de los clubes más prestigiosos.
En 1948 se realizó un Campeonato Sudamericano en la capital de Chile, del cual participaron los campeones del año anterior de las principales ligas del sur del continente.
En el proyecto de creación de la Copa Libertadores, inspirado también por la UEFA, se incluía la idea de crear la Copa Internacional, en la cual se enfrentaban cada año los campeones de ambas confederaciones para determinar el mejor equipo del mundo. En 1959 se obtuvo de la Confederación Sudamericana de Fútbol la aprobación definitiva, y el 19 de abril de 1960 se puso en marcha la primera competición, denominada en principio Copa de los Campeones de América y destinada únicamente a los campeones de cada país. En 1964, la Federación Uruguaya presentó la idea de incluir a los vicecampeones nacionales en la competencia. Un año más tarde, esa fórmula entró en vigor y la competencia adoptó su denominación oficial: Copa Libertadores de América.
El primer campeón fue el club uruguayo Peñarol, de Montevideo, que repitió lo que había hecho en 1961. En 1962 y 1963 fue el brasileño Santos, con Pelé como figura estelar; en 1964 y 1965, el campeón fue el equipo argentino Independiente, el que más títulos ganó hasta la actualidad (siete títulos). A partir de 1998, el surgimiento de un patrocinador determinó un cambio en su nombre: Copa Toyota-Libertadores. También cambió, a imagen y semejanza del modelo europeo, la forma de clasificar a los equipos: actualmente participan entre dos y seis clubes de cada país, incluidos los mexicanos como invitados (que ya disputaron una final y tres semifinales).
Los equipos argentinos obtuvieron veinte copas; los brasileños, doce; los uruguayos, ocho; los paraguayos, tres; los colombianos, dos, y el Colo Colo chileno obtuvo la única copa de fútbol de su país. El goleador histórico es Alberto Spencer, que marcó 56 goles con Peñarol y Barcelona (ecuatoriano). A pesar de la instauración de una gran cantidad de campeonatos menores en las últimas décadas (Supercopa, Copa Conmebol, Copa Mercosur, Sudamericana, Interamericana, Recopa), la Copa Libertadores sigue siendo la más importante, tanto por la calidad de los equipos involucrados y por los beneficios económicos derivados del patrocinio televisivo, como por su peso en el imaginario de los hinchas de todo el continente.
De 1960 a 2004, el ganador de la Copa Libertadores disputaba con el campeón europeo la Copa Intercontinental (en 2005 se creó el Campeonato Mundial de Clubes, que incluye los ganadores de todos los torneos continentales).