Tránsito Amaguaña ha luchado durante toda su vida por la defensa de los derechos humanos de los indígenas. Conoció de cerca la explotación de la mano de obra indígena, pues sus padres eran huasipungueros (trabajadores que guardan un vínculo vitalicio con la hacienda, dentro de un sistema de dependencia semejante a la esclavitud) en la provincia de Pichincha, donde ella nació. En contacto con los incipientes movimientos indígenas, conoció a Dolores Cacuango y decidió unirse a la lucha por la tierra y por los derechos indígenas. Asistió también a las reuniones del naciente Partido Comunista.
Participó de la creación de los primeros sindicatos agrícolas de Ecuador y de la primera huelga de trabajadores agrícolas de Olmedo (1931). En 1944 fundó la Federación Ecuatoriana de Indígenas (FEI), junto con Nela Martínez, Jesús Gualavisí y Dolores Cacuango. En 1945, por propia iniciativa y sin apoyo del gobierno, Tránsito Amaguaña fundó cuatro escuelas bilingües (quechua-español) en la región de Cayambe. En 2003 recibió el Premio Eugenio Espejo y el derecho a una pensión mensual vitalicia. Murió en mayo de 2009, después de pasar gran parte de su vejez sola, en una pequeña chacra junto al volcán Cayambe.