Criado em 1970 pelo Congresso do México, o Conacyt é responsável pela elaboração das políticas nacionais de ciência e tecnologia. Tem como missão consolidar o sistema de ciência e tecnologia e impulsionar o seu desenvolvimento, mediante a formação de recursos humanos de alto nível, a promoção de projetos de pesquisa, a difusão da informação científica e tecnológica e o estímulo à inovação tecnológica e competitividade empresarial.
Apesar de propor-se objetivos ambiciosos – como inserir o México entre as vinte potências mundiais em P&D (Pesquisa e Desenvolvimento), com gastos de 2% do Produto Interno Bruto (PIB) –, o Conacyt deparou-se com importantes limitações orçamentárias. Entre 1995 e 2005, o país investiu aproximadamente 0,4% do PIB e, em 2006, não cumpriu a meta de investir 1% do PIB. Para esse resultado decepcionante contribuiu a política neoliberal de redução drástica do tamanho do Estado mexicano, limitando sua arrecadação a 12% do PIB. Recebendo aproximadamente 2% da arrecadação estatal, os gastos em P&D são financiados em mais de 60% pelo Estado.
Os dispêndios do Conacyt representaram, em 2002, 10% do total desembolsado em P&D. Desde os anos 1990, os gastos com P&D desse organismo têm variado entre 50%, nos anos de maior retração, como 1996, e 62%, naqueles de maior dotação, como 1994. O orçamento do Conacyt cresceu entre 1990 e 1994, quando alcançou 4 bilhões de pesos, sendo impactado negativamente pela crise de 1995, que reduziu a arrecadação estatal. O orçamento se manteve estagnado até 2001, quando ultrapassou os níveis de 1994, alcançando 5 bilhões de pesos em 2003.
Os gastos do Conacyt revelam sua ampla desconexão com o setor produtivo, que praticamente autofinancia seus baixíssimos investimentos em P&D. O resultado é que mesmo com a melhoria em certos indicadores da ciência mexicana – como o número relativo de citações e de artigos científicos publicados no mundo –, estes tiveram pouco impacto para superar a dependência tecnológica que se aprofunda no México, como atestam o crescimento dos déficits na balança tecnológica e a queda abrupta da relação entre as patentes nacionais e estrangeiras concedidas no país. Cumpre destacar ainda, na política do Conacyt, o baixo grau de financiamento relativo às ciências sociais e humanidades: dados de 2003 indicam que, se estas geraram 73% de todos os egressos da pós-graduação, receberam apenas 26% das dotações, enquanto as ciências exatas e da natureza se apropriaram de mais de 40% das dotações do organismo.