Una de las más antiguas universidades brasileñas, la Universidad Federal de Río de Janeiro (UFRJ) es la pionera y la principal de una red de universidades federales que cubre prácticamente todos los estados de Brasil. Si bien el proyecto de su creación comenzó a tramitarse en el año 1915, fue creada oficialmente el 7 de septiembre de 1920, como parte de las conmemoraciones por la Independencia, por el Decreto N.º 14.343 del presidente Epitácio Pessoa. Su primera denominación fue Universidad de Río de Janeiro.
Hubo treinta intentos anteriores de fundar la UFRJ. Finalmente fue creada a partir de la unión de tres instituciones de enseñanza superior, de carácter profesional, ya existentes: la Facultad de Medicina, la Escuela Politécnica y la Facultad de Derecho. Su primer rector fue Tobias Moscoso, de la Escuela Politécnica, quien formaba parte del Consejo Universitario junto con otros nueve miembros: los directores de las tres entidades y seis profesores catedráticos.
En 1937, durante el gobierno nacionalista de Getúlio Vargas, su nombre fue cambiado por el de Universidad de Brasil. En ese período, su modelo reflejaba los presupuestos del Estatuto de las Universidades Brasileñas de 1931: era una universidad popular, puesta al servicio de la grandeza de la nación y del perfeccionamiento de la humanidad, centrada en las necesidades del país y orientada por los factores nacionales de orden social y económico, difusora de conocimientos útiles para la vida individual, para la solución de problemas sociales y para los altos intereses nacionales, y dirigida a la propagación de la actividad técnica y científica de la institución universitaria.
Posteriormente, en 1965, por medio de la Ley N.º 4.831, el gobierno de Castelo Branco dictaminó un nuevo cambio de denominación, la cual pasó a ser Universidad Federal de Río de Janeiro. Sin embargo, en el año 2000, ganó, ante la justicia, el derecho a utilizar nuevamente el nombre Universidad de Brasil y, en la actualidad se la conoce con el nombre de Universidad de Brasil/UFRJ.
La UFRJ logró su autonomía administrativa, financiera y didáctica en el año 1945, y sus recursos financieros provienen del gobierno nacional, como sucede con las demás instituciones federales de enseñanza en el país. A fines de los años 60 sufrió los impactos de la Reforma Universitaria Nacional, con la creación de los departamentos en lugar de las cátedras y la formación de los centros por el agrupamiento de las unidades-escuelas, facultades e institutos, lo que aumentó la coordinación y el control sobre los departamentos, dado que éstos quedaron subordinados a las determinaciones de los centros. Desde aquel entonces, la Universidad está compuesta por los Centros Universitarios de Ciencias Matemáticas y de la Naturaleza, Letras y Artes, Filosofía y Ciencias Humanas, Ciencias Jurídicas y Económicas, Ciencias de la Salud y Tecnología.
En los años 50, la investigación comenzó a institucionalizarse con la creación de los institutos de investigación, la docencia en régimen integral, la formación de equipos de investigación y los convenios nacionales e internacionales con agencias financiadoras. Tal incremento se refleja, actualmente, en los 84 programas de maestría y doctorado, en los más de cien laboratorios de investigación y en la significativa producción académica de la institución, que tiene el segundo mayor número de directorios de investigadores del Consejo Nacional de Desarrollo Científico y Tecnológico (CNPq): cerca de ochocientos.
El Museo Nacional, antiguo Museo Real de Río de Janeiro, fundado en 1818, fue incorporado a la UFRJ en el año 1946, y se convirtió en una de las instituciones más renombradas en la enseñanza de la antropología en Brasil.
Asimismo, cabe resaltar el proyecto de extensión de la institución, que posee ocho hospitales universitarios que prestan servicios de salud a la población, y la Maternidad-Escuela, situada en Laranjeiras. Sus actividades se desarrollan, principalmente, en los campus de la Isla de la Ciudad Universitaria (creados en los años 70) y de la Praia Vermelha. En 2012, la UFRJ tenía 48.454 alumnos en los cursos de grado y 10.927 estudiantes en el posgrado.