Nació el 20 de julio, en la capital de Martinica. Durante la Segunda Guerra Mundial luchó en el norte de África como soldado del ejército francés y, a los veinte años, ya había sido condecorado como veterano de guerra. En 1945 volvió a Martinica y colaboró en la campaña de Aimé Césaire, su amigo y mentor intelectual, para la Prefectura de Fort-de-France.
Formado en medicina en Francia con especialización en psiquiatría, en 1951 volvió una vez más a su isla. En 1952 se casó con una francesa en París y se trasladó a Argelia; allí ocupó el puesto de jefe de Departamento de Psiquiatría del hospital de Blida-Joinville. Entonces tuvo comienzo su lucha contra el colonialismo, como miembro del Frente de Liberación Nacional (FLN).
En 1960 descubrió que tenía leucemia, pero continuó con sus actividades intelectuales y políticas. Murió un año antes de que Argelia conquistara su independencia, el 6 de diciembre de 1961, en Washington, Estados Unidos.
Lector apasionado de las obras de Karl Marx, intentó formular una síntesis del marxismo con el existencialismo de Sartre, el psicoanálisis y la corriente teórica conocida como “Negritud”, que tiene como uno de sus exponentes a Aimé Césaire. En el libro Los condenados de la tierra, un hito teórico del anticolonialismo, de 1961, con prefacio de Sartre, Fanon afirma que el colonizador extraería su “verdad”, o mejor, sus bienes, del sistema colonial. Según él, la marginación social sería inherente al sistema colonial y la liberación no podría depender solamente de la clase obrera y del proletariado industrial, sino también de sus alianzas con otros sectores de la sociedad, principalmente los marginados.
Entre sus trabajos se destacan Piel negra, máscaras blancas, de 1952, su primer libro. Como psiquiatra estudió el racismo y la forma como éste es internalizado por sus víctimas.